SnapGene制作琼脂糖凝胶

改进你的核心分子生物学程序，并改进结果  

未来，克隆会更智能、更快捷  

如何创建和配置琼脂糖凝胶模拟?  

打开“模拟琼脂糖凝胶”对话框  

  

打开模拟琼脂糖凝胶对话框，单击工具→模拟琼脂糖凝胶....  

选择一个或多个输入序列  

通过以下一种或多种方法选择要在凝胶上显示的序列：  

选择然后拖拽一个或多个文件到“模拟琼脂糖凝胶”窗口  

点击选择DNA序列→选择序列文件来浏览和选择计算机上的文件  

点击选择DNA序列→选择打开序列选择当前在SnapGene中打开的文件  

选择一个或多个序列，单击“移除”，移除序列。  

请注意，如果您不添加任何序列并单击OK，那么将创建一个“空”凝胶。您可以在凝胶创建后添加序列。  

设置输入序列的顺序  

  

选择一个或多个序列，并使用箭头按钮重新排序序列。  

命名凝胶文件  

SnapGene6.0及更高版本允许您保存琼脂糖凝胶文件。  

  

为新的凝胶文件输入一个合适的名称。  

单击OK创建凝胶。  

选择一个MW标记  

 

如果您不使用默认的泳道，那么在凝胶上或列表中选择Lane1，并通过下拉菜单选择新的MW标记。  

向凝胶中添加额外的序列  

 

要选择泳道，请单击凝胶上方的数字，或单击列表中的泳道号，然后单击下拉菜单以选择所选泳道的序列。  

或者，将序列文件拖放到凝胶中，将其添加到选定的泳道中。  

查看凝胶  

SnapGene5.2及更新版本可以准确模拟超螺旋(共价闭合环状)DNA的相对迁移速率。  

在使用限制性内切酶指定消化之前，SnapGene将模拟环形序列作为超螺旋DNA的迁移。未切割的超卷曲序列将在列表中这样标记。  

最初，所有的序列将显示为未切割的DNA。圆形序列将显示为超螺旋片段。  

选择PCR产物  

 

选择带注释引物的泳道/序列，并使用下拉菜单选择“amplificationbyPCR”。或者，在Map或Sequence视图中点击引物，自动切换到“amplificationbyPCR”选项。  

使用下拉菜单设置PCR引物对，或在Sequence或Map视图中，单击第一个引物，然后shift-click第二个引物设置引物对。  

所选引物对产生的PCR产物将显示在凝胶上。  

序列摘要  

选择一个泳道/序列进行酶切，默认情况下泳道将被设置为“cutwith”。  

使用下拉菜单指定最多4种酶，对所选序列进行酶切。  

另外：  

在提供的字段中键入酶的名称  

在Map或Sequence视图中选择一个酶位点(如果有酶位点显示)  

用选定的酶切产生的片段将显示在凝胶上。  

可选:指定凝胶缓冲超螺旋序列  

根据电泳缓冲液的不同，超卷曲DNA相对于线性DNA的迁移显著不同。  

如果您希望更改用于模拟超螺旋DNA迁移的电泳缓冲液，请单击蓝色缓冲液指示器打开SnapGenePreferences。  

选择新的所需缓冲区，然后关闭Preferences窗口。  

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