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常见问题

SnapGene 7.1.0版本

发布时间:2024-03-05 13:12:14人气:118

概述

SnapGene 7.1提供了增强功能,以简化所选文件夹中的文件搜索,引入了ssDNA序列(包括引物)的二级结构可视化,并包括各种修复以提高稳定性,文件导入工作流程和其他功能。


文件搜索增强功能

快速轻松地构建搜索查询查找序列和其他文件在具有简化筛选器条目控件的选定项目文件夹中,并在不同的选项卡中运行多个搜索。

文件搜索增强功能.png

Quick Build Search Queries

Simplified Filter Controls and Multiple Tabs

单链 DNA 序列的二级结构视图

可视化二级结构用于通过新的二级结构选项卡使用 ViennaRNA 软件包计算的单链 DNA 序列


Secondary Structure of ssDNA

查看底漆发夹和二级结构

使用用于计算的新按钮检查您的引物是否有发夹或其他自结合二级结构引物单体的二级结构,在“引物”选项卡中可用。


Primers Secondary Structures

功能和增强功能包括

增强的文件搜索输入筛选器,可简化和简化构建搜索查询

搜索词的简单输入字段自动添加搜索键

日期和文件类型字段提供用于快速选择的下拉菜单

在结果选项卡中调整查询时会自动进行搜索

文件搜索结果增强功能

搜索结果现在显示在新选项卡中,允许您重新访问以前的搜索结果

增强了搜索结果中活动搜索过滤器的可见性和排列

添加了单链 DNA 序列的二级结构选项卡。使用ViennaRNA软件包计算二级结构

在引物视图中添加了“显示结构”按钮,允许您查看引物二级结构

使用ViennaRNA软件包计算的结构

在预测二级结构时,引物结合位点熔融温度用作默认温度

添加了一个新首选项,用于指定缺少 FASTA 注释行(第一个序列之前以“>”开头的行)的文件是被识别并导入为 FASTA 序列文件还是文本

现在,在查看“入门”空间时,可以使用 ⌘+W (macOS) / Ctrl+W (Windows/Linux) 键盘快捷键关闭窗口

恢复了“入门”空间中“入门”、“克隆教程”和“用户指南”部分的展开/折叠状态。

其他更改和修复

调整了导入和导出到 GenBank 时对 KEYWORDS 的处理

导入 GenBank 文件时,KEYWORDS 不再用作自定义地图标签

现在使用注释导出自定义地图标注

在导入多序列 GenBank 文件时,对齐对话框不再使用自定义地图标注作为序列名称

调整了将区段导出到GenBank的功能

现在,使用 join(...) 限定符在 GenBank 文件中导出非间隙特征段,包括重叠段和紧邻段

修复了以下问题:在导出到 GenBank 和从 GenBank 重新导入时,具有核糖体滑移(重叠段)的特征的翻译会发生变化

将 /ribosomal_slippage 限定符添加到具有重叠段的任何已翻译要素

将“关闭所有选项卡”和“关闭已保存的选项卡”选项移至选项卡操作菜单的顶部,以确保它们易于访问

调整首选项的措辞,默认将文件作为独立窗口打开

改进了“收藏夹”左侧面板中用于文件夹的颜色,使所选文件夹名称更易于阅读

在“文件”菜单中添加了“关闭所有选项卡”选项

将“文件”菜单中的“全部关闭”选项重命名为“关闭所有窗口”

根据需要将“文件”菜单中的“关闭”选项重命名为“关闭窗口”或“关闭选项卡”

更新了SnapGene学院的链接

修改了搜索滤波器芯片外观,提高了对比度

改进了在未提供要素颜色信息时按要素类型使用默认颜色打开 GenBank 文件时的性能。

改进了在克隆和PCR对话框中输入引物名称或选择引物时的处理

修复了 Windows 上的“查找酶/功能/引物”快捷键 (Ctrl+Shift+F)

修复了“与参考 DNA 序列对齐”的问题,即质量差的读取会导致其他读取不正确对齐

修复了一个错误,该错误导致在与参考 DNA 序列比对时进行修剪时从序列读取中删除额外的碱基

修复了 SwissProt 导入器以正确读取蛋白质序列名称的问题

从多序列存档文件导入时正确保留对齐的序列名称

修复了在某些循环序列上显示 GC 颜色的问题

禁止在“新建文件”窗格中更改序列名称时自动重新选中“传输特征”复选框

修复了当序列具有未保存的甲基化更改时将序列转换为环形/线性序列的问题

修复了导致某些文件使用文本查看器打开而不是导入的 bug

修复了在打开“打开此 Collection.clxn”文件时集合将在内容窗口中打开的 bug

导入包含多个序列的文件时,创建并打开一个新项目而不是集合

修复了在使用网关克隆对话框时导致显示无意义警告的各种问题

修复了在 Linux 上搜索包含某些非序列文件类型的项目时的各种问题

修复了转换为双链的序列在编辑时会恢复为单链的 bug,反之亦然

修复了替换文档时非粘滞选项卡未标记为“已修改”的 bug

删除了在非粘性选项卡中查看文件时更新旧文档的提示

修复了阻止在 Windows 上卸载 SnapGene 未使用的外部卷的问题

改进了压缩超过 2 GB 数据时的稳定性和性能

修复了使用具有多个打开选项卡的“关闭所有窗口”时可能发生的崩溃

改进了稳定性和性能,并解决了各种内存泄漏问题

添加了可选的匿名使用情况报告,以支持正在进行的开发和用户研究。请注意,您处理的个人信息和数据内容不会共享。

如果选中了该设置,请确保在新窗口中打开新创建的序列

改进了在“搜索提示”对话框

中执行蛋白质搜索时如何处理终止密码子的说明

修复了“添加引物”对话框有时认为未指定模板的问题

确保正确识别 Windows 版本

修复了无法撤消移除 5' 悬垂的问题

修复了编辑 DNA 末端后关闭与引用的比对的问题

修复了打开跟踪文件时可能发生的崩溃

防止在线性化 ssDNA 后显示下游末端磷酸盐

简化了 Dock (macOS) 和快速启动 (Windows) 菜单



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