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SnapGene 7.2.0 Update

发布时间:2024-03-29 09:36:47人气:117

SnapGene概述

SnapGene 7.2提供了新的引物同源二聚体结构的可视化和增强的文件管理,允许在多个窗口中使用拖放来组织标签,并改进了与项目中的文件交互。

计算引物同型二聚体结构

通过在引物视图中的显示结构按钮查看带有deltaG值的同型二聚体结构,检查引物是否自二聚。

计算引物同型二聚体结构.png

可拖动文件选项卡

通过将文件选项卡拖进拖出窗口来创建多个选项卡窗口,轻松地对序列进行分组。

可拖动文件选项卡.png

与文件交互的UX增强

更流畅地导入和交互选项卡、文件和文件夹,以解决常见问题,包括增强当前选项卡和文件名的可见性,改进色谱图的默认视图设置,拖放导入文件夹等。

与文件交互的UX增强.png

新的共同特征和琼脂糖凝胶阶梯

现在可以选择凝胶阶梯从几个额外的供应商,和更多的功能已添加到标准的特征数据库中检测您的序列。

新的共同特征和琼脂糖凝胶阶梯.png

SnapGene功能和增强


引物同源二聚体


使用Vienna RNA软件包中的RNAcofold工具计算引物同源二聚体结构


根据序列或置信度着色的引物同源二聚体可视化


选项卡文件窗口增强


启用拖动文件标签在窗口内和窗口外


增加了多个窗口包含文件选项卡的能力


标签文件窗口现在可以在没有“项目”面板的情况下存在


添加当前文件名到顶部工具栏


改进了所选选项卡的可见性


增强项目接口中的数据管理


支持直接将文件导入子文件夹


添加一个放置指示器,表示文件可以通过拖放导入到项目中


在文件面板操作菜单中添加了展开/折叠所有文件夹的命令


在文件面板中右键单击单个文件时,在上下文菜单中添加了一个打开文件命令。


允许在项目中双击打开pdf文件


增强色谱跟踪文件视图设置


调整默认高度,使峰值不会在选项卡窗口中被拉伸


当鼠标悬停在质量数据上时,显示峰值信息


当鼠标悬停在跟踪文件序列上时,显示基突出显示


更新的融合克隆默认值,在有多个片段时使用20 bp片段,根据Takara Bio的更新建议


添加BioGate ladder (100 bp, 100 bp Plus, 1 KB)用于琼脂糖凝胶模拟


添加GeneAll GENESTA ladder (100 bp、250 bp和1 kb)用于琼脂糖凝胶模拟


添加Hylabs ladder (50 bp, 100 bp, 1 KB+)用于琼脂糖凝胶模拟


更新标准公共功能数据库


添加了Anderson构造性启动子集


添加替代Bxb1整合酶和相关位点


增加了mCyRFP、mScarlet3、StayGold和mStayGold荧光蛋白功能


更新的Csy4和人类U6启动子序列


在示例项目中添加了一个ssDNA文件


SnapGene额外的更改和修复


当编辑参考或对齐序列时,避免重新计算与参考DNA序列的比对,从而提高性能


增加了进度对话框,并允许取消对参考DNA序列的对齐


如果导入FASTQ测序读取时质量格式不明确,允许用户指定质量格式


为二级结构视图添加了一个侧工具栏


改进了使用黑暗模式时编辑DNA结束对话框的外观


移除复制底链碱基的选项,当查看蛋白质比对时错误显示


通过在文件夹面板中右键单击文件名来启用打开非本机文件


在选择酶对话框中扩大点击区域,这样可以通过点击单选按钮右侧的标签来选择选项


改进的性能,避免启用“默认在单独窗口中打开文件”首选项时不必要地显示主项目窗口


文件搜索字段中的翻译示例


修复了一个组装contigs在一个不一致的默认位置用于结果存储(项目文件夹或集合)取决于“在单独的窗口中打开文件设置”的错误


修复了在一个集合中多个文件取消检测公共功能时发生的崩溃


修复了在项目面板中运行文件搜索时可能发生的崩溃


修复了在搜索跨越源的区域时可能发生的崩溃


修复了在集合中批量编辑后无法复活祖先的bug


修正了一个错误,阻止模拟网关克隆使用站点跨越数字来源


修正了酶数据库显示包含<符号的缓冲区值


固定的标签对齐在多个序列对齐侧面板


添加到电子邮件地址字段开头或结尾的已修剪的空白


当使用较小的屏幕时,启用新的文件窗格在Windows上显示


当使用重叠的引物模拟PCR时,确保扩增区域内的特征转移到产品上,包括内部插入或替换。


修正了一个在窗口上扩增片段消失在扩增片段列表中取决于选择哪个片段的问题。


如果选中了相关选项,确保在Finder或Windows资源管理器中双击的文件是全屏打开的


在选择保存导入文件的位置时,默认为打开的项目


减少了文件选项卡所需的最小宽度,并改进了在有大量选项卡或空间受限时的外观


如果色谱仪被打开,确保它被打印出来


提高了打开文件时的稳定性


修正了使用Show RNA计算时的尿嘧啶计数


添加了进度指示器,并允许取消对引用的对齐,如果它花费了很长时间


从导入底料对话框中移除“显示结构”按钮


确保最近关闭的选项卡是在当前窗口中打开的,而不是一个单独的窗口,即使勾选了“在单独的窗口中打开文件”首选项


修正了在只有一个选项的情况下,金门克隆对话框在接受调整悬垂对话框外可能发生变化的问题


如果直接对向量进行提取,则保证在装配产物中恢复向量的数值原点


改进了在处理多个选项卡时的性能


修复了一个导入文件到项目的问题,将它们放入选定的文件夹


在插入限制片段时,确保载体特征被转移到乘积中


修复了一个可能阻止模拟插入限制片段的问题


优化了创建新文件时检测序列拓扑、添加公共特征、导入非原生文件时优化特征颜色的性能


实现了新的序列搜索和索引算法,取代了MICA算法,并针对分子生物学核心用例进行了性能优化


减少新创建和编辑文件的文件大小



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