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ChemDraw计算分子尺寸-购软平台

发布时间:2022-10-11 13:50:41人气:3857

  在科学研究中,不免会用到各类化学分子尺寸的大小。今天我们分享个计算分子尺寸大小的通用方法。这里需要用到Chem3D软件,大家可以点击如下链接下载:ChemDraw2022版安装教程

  1.首先在Chem3D中把自己需要计算的分子画出来,例如聚酰亚胺分子。

ChemDraw分子图.png

  2.右键下图图标,然后选中CartesianTable,即各个原子坐标位置在三维空间。

ChemDraw中的CartesianTable工具.png

  3.全选(CTRL+A)所有原子及其坐标位置数据。

ChemDraw计算分子尺寸步骤-全选坐标.png

  4.粘贴数据到Word中,然后CTRL+H快捷键打开查找替换对话框删除所有括号以及其中数字。在查找内容处输入(*),替换为处:空。勾选使用通配符,然后点击全部替换。

ChemDraw计算分子尺寸步骤-在查找内容处输入(*),替换为处:空.jpg

  


5. 计算分子尺寸大小      

在计算时, 我们首先需要指定每个原子的半径. 由于原子半径同样不是一个确定的物理量, 所以有多种定义方式, 如共价半径, 范德华半径, 离子半径, 有效半径, 等等. 在计算分子大小时, 我们一般使用范德华半径. 对于它的数值, 最常用的一套数据是由Pauling开始, 经Bondi细化, Gavezotti, Rowland和Taylor等人修正给出的, 但并没有包含所有的主族元素. Mantina等人根据这套数据, 利用量化方法得到了包含所有主族元素的一套自洽的半径数据, 见论文: Manjeera Mantina, Adam C. Chamberlin, Rosendo Valero, Christopher J. Cramer, Donald G. Truhlar; Consistent van der Waals Radii for the Whole Main Group; J. Phys. Chem. A 113(19):5806-5812, 2009; 10.1021/jp8111556. 对某些金属元素, 这套半径的某些数值可能不够准确, 使用时请注意核查. 胡盛志等人在论文胡盛志, 谢兆雄, 周朝晖; 晶体范德华半径的70年; 物理化学学报, 26(7): 1795-1800, 2010中总结了一套更全的半径, 几乎包含了周期表中所有的元素. 对一些常用元素, 这套半径与Bondi的相差不大. 具体使用时, 可根据情况选择.

确定了使用的范德华半径之后, 下面就要确定计算分子大小时采用的三个垂直方向. 考虑到分子的旋转, 我们可以取分子的三个惯性主轴作为确定分子大小的方向. 所有原子在某一主轴上投影的最大距离, 就可以作为分子在这个主轴方向上的长度.


明确了半径和方向, 就容易计算分子的大小了. 为方便计算, 我将这种算法作成了一个在线的小工具, 只要给定分子中原子的坐标, 指定采用的半径, 就可以方便地得到分子的尺寸. 如果你想对某些原子使用自定义的半径, 直接在元素 原子量(amu) 半径(Å)中修改相应的半径数值即可.


得到了三个方向的尺寸后, 可以根据某些规则取最值或是三个尺寸的平均值作为分子的直径.


6.将处理好的数据(删除了括号以及其中数据)复制到如下文本框中。原子范德华半径选择 胡盛志 并点击 计算,即可得到该分子的三维尺寸: 19.136×8.659×6.377。

微信截图_20230303175139.png

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