Aspera Connect 上传 NCBI SRA 完整操作教程

国内跨洲际上传测序数据（fastq/bam），Aspera（ascp）比 FTP 快数十倍，支持断点续传，是 NCBI 官方推荐方案。

一、前置准备（必须先完成网页端操作）

1. 注册 NCBI 账号并新建 SRA 提交

1. 打开 SRA 提交门户：https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/SRA提交首页新建提交页面

2. 登录 NCBI 账号 → 点击New submission新建提交

3. 提前建好 BioProject（项目号）+ BioSample（样本号），无则在页面内直接创建

4. 一路填写样本、测序仪器、文库信息，直到进入Files 文件上传页面

2. 获取专属上传目录 + SSH 私钥（核心）

1. 展开面板：Aspera command line and FTP upload options申请预上传文件夹

2. 点击 Request preload folder，生成专属上传路径，格式固定：subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/你的邮箱_随机字符

3. 点击蓝色 Get the key file，下载私钥文件 aspera.openssh（全程保密，不可分享）下载key文件按钮

3. 测序文件规范

• 格式：仅接受 .fastq.gz / .bam，禁止 zip

• 单文件上限：≤100G；全部数据放同一个单层文件夹，不要多层子目录

• 文件名只用字母、数字、-、_，中文 / 空格 / 特殊符号会上传失败

二、安装 Aspera Connect 软件（ascp 命令工具）

Windows

下载地址：IBM Aspera Connect 官网，默认安装路径：C:\Program Files\Aspera\Aspera Connect\bin\ascp.exe

Mac

/Applications/Aspera/Connect.app/Contents/Resources/ascp

Linux（服务器常用）

bash运行

wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.9.8/aspera-connect-3.9.8.17627-linux-x86_64.tar.gz tar zxvf 压缩包 cd aspera-connect-3.9.8.17627-linux-x86_64 sh aspera-connect-install.sh # 生效环境变量 source ~/.aspera/connect/etc/aspera.sh

三、上传命令（分 Windows/Linux/Mac，直接替换路径运行）

通用参数解释

plaintext

ascp -i  私钥文件aspera.openssh绝对路径 -QT 优化传输、关闭加密（提速必备） -l100m 最大带宽100Mb，网络好可改为-l300m/-500m -k1 断点续传，中断后重跑自动跳过已传文件 -d  自动创建远端文件夹，本地填**数据文件夹路径** 最后一段：NCBI给你的专属上传地址

1. Linux / Mac 终端命令（推荐服务器大批量上传）

bash运行

ascp -i /home/user/ncbi/aspera.openssh -QT -l100m -k1 -d /home/user/raw_fastq subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/abc123@qq.com_XsdfGH89

• /home/user/ncbi/aspera.openssh：你下载的密钥完整路径

• /home/user/raw_fastq：本地存放所有 fq.gz 的文件夹

• subasp@xxx：网页生成的专属远端路径，每人不同

2. Windows CMD/PowerShell 命令

两种写法任选，推荐第一种完整路径调用 ascp.execmd

"C:\Program Files\Aspera\Aspera Connect\bin\ascp.exe" -i D:\ncbi_key\aspera.openssh -QT -l100m -k1 -d D:\seq_data subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/abc123@qq.com_XsdfGH89

• D:\ncbi_key\aspera.openssh：密钥存放路径

• D:\seq_data：本地测序数据文件夹

四、上传后网页端绑定文件

1. 上传完成等待20 分钟，NCBI 服务器同步文件列表

2. 回到 Files 上传页面，点击 Select preload folder选择远端上传文件夹

3. 选中你刚才上传的文件夹，确认导入所有 fastq/bam

4. 依次配对每个样本对应的 R1/R2 文件，填写文库、测序平台信息

5. 全部核对无误，提交 SRA，等待 NCBI 审核分配 SRR 号

五、常见报错与解决

1. 密钥权限报错（Linux）私钥权限过宽会拒绝连接，执行：

bash运行

chmod 600 /home/user/ncbi/aspera.openssh

2. 上传速度极慢

• 增加带宽参数 -l300m；

• 防火墙放行 UDP 端口（Aspera 默认用 UDP 传输，仅 TCP 会限速）

3. 文件找不到 / 目录报错本地路径、密钥路径必须写绝对路径，不要用相对路径；文件夹不要嵌套多层

4. 上传中断直接重新执行同一条命令，-k1 参数会自动断点续传，无需重传全部文件

六、小提示

1. 大数据（>50G）优先 Linux 服务器上传，家用电脑稳定性差

2. 不要修改 / 分享aspera.openssh密钥，泄露会导致他人上传到你的 NCBI 账户

3. 上传文件夹是临时存储，全部提交审核完成后 NCBI 会自动删除，不要存重要备份

上一条：aspera软件怎么上传数据

下一条：没有了！