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ChemDraw 中的颜色和尺寸如何提供新的清晰度

发布时间:2023-01-18 14:33:41人气:951

ChemDraw.png

有机化学传统上以二维平面,黑白结构在视觉上表示。但人类是视觉动物,当涉及颜色和透视时,我们倾向于更清楚地理解事物。


将颜色和维度添加到有机化学可视化中时会发生什么?


直到最近,ChemDraw用户只能按元素对原子类型进行着色,或者更改原子标签和键的颜色。在实践中,这在红色和深蓝色债券上效果相当好。然而,当 3RD需要颜色(特别是在没有百叶窗的房间里使用低质量的投影仪时!


化学绘图中的颜色

为了解决这个问题,我们引入了碳环的环填充着色,以及用颜色突出显示键和原子以促进通信的互补能力。

ChemDraw 中的颜色和尺寸如何提供新的清晰度.png

直观地演示了ChemDraw先前存在的着色功能与新的颜色高光之间的差异


现在,无论您是在会议上向同行展示,还是在每周的实验室会议上向同事展示,您最终都可以说出“绿色的双键”或黄色的酰胺键“,并确信您的听众会知道您在说什么。



在扩展着色选项的同时,我们最近还引入了 3D 清理功能。该算法经过增强,可以更好地处理金属配合物,同时支持3D中的芳烃圆,并更有效地渲染透视双键(例如,在3D中“从侧面”查看的双键)。

3D 化学能力,在3D中“从侧面”查看的双键.png

现在,创建包括茂金属在内的复杂 3D 结构比以往任何时候都更容易。来自 ChemDraw 模板文件夹的 2D 分子可以很容易地转换为精确的 3D 渲染。


当我们改进这一重要能力时,我们发现了化学交流的局限性。可旋转的3D模型可能对化学家在ChemDraw中查看它很有用,但是在面向观众的演示中在ChemDraw之外显示和共享它需要很多额外的步骤。


直到现在。


3D在我们的脑海中。

原生、交互式和可动画的 3D 对象(包括分子)已经在 Microsoft PowerPoint 中使用.3MF格式提供。3MF是由参与3D打印的主要公司(包括微软)共同开发的开源3D打印格式。


考虑到这个用例,我们首先实现了“另存为3MF”选项来保存分子以进行3D打印。我们很快意识到,这种能力的全部潜力并不在于3D打印方面,而在于PowerPoint 3D对象方面。


为此,我们创建了一个“复制为 3MF”操作,将 3D 分子作为 3MF 对象复制到剪贴板,以便轻松粘贴到 PowerPoint 幻灯片中。早期的beta测试人员反馈建议我们应该提供几种3D渲染风格,并实现经典的“Ball & Stick”表示和“仅摇杆”表示:

3MF Rendering(Ball & Stick)
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ChemDraw 3D

使用高级着色选项和 3D 表示来表示 (+)-Plumisclerin A 的同一分子的各种方法。顶行:化学绘图表示;底行:ChemDraw 分子被复制为 3MF 对象并粘贴到 PowerPoint 中。


当我们开发3MF功能并使用天然产物等复杂分子进行测试时,我们认为我们需要解决在3D中建立骨骼2D分子的视觉表示的困难。


这是呈现2D和3D化学时的基本问题。毕竟,在处理 3D 形状时,相关的楔形、散列楔形和过度拉长的交叉键是一项艰难的心理锻炼!


在测试和开发新的 3MF 导出功能时,我们发现这将是展示 ChemDraw 版本 20 中引入的颜色突出显示功能功能的完美用例。我们研究了如何轻松地将颜色亮点从分子的2D表示转移到3D模型,以便在向观众展示时,化学家可以轻松地传达正确的信息或将注意力集中在分子的相关部分。


我们从2D高光中生成了3D彩色“透明管”,并将它们添加到3MF模型的键周围。

3DClean-up.png

3D模型与痰麦定C分子

将颜色高光转移到具有Phlegmadine C分子的3D模型的能力所带来的好处的插图。现在,将 2D 结构的各个部分与其 3D 表示(底行与顶行)相关联要容易得多。



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