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ChemDraw的18个技巧,ChemDraw官网教程

发布时间:2023-01-29 10:52:20人气:1598

ChemDraw是一款专业的化学结构绘制工具,药学化学人天天不离手,它的使用技巧大家都知道几个呢。

1、分子的C原子编号


chemdraw 常用的原子编号的方法是:


选中分子→鼠标右键→Atoms→ Show atoms numbers

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结果出来居然是这样的,O原子都编上号了, 于是我发现一个方法,就是在之前的基础上,点击修改文字模式,点击应该是1号C的位置,改成“1”,然后双击二号C的位置,这个C的上面就自动变成2了,以此类推。所以还是要先学好有机化学第一章里“化合物的原子编号方法”。

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2.根据结构获得化合物命名


不过,好消息是,不用翻有机化学书第一章“化合物的命名”了:


选中结构式→菜单栏Structure→Convert Structure to Name

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3、根据化合物名称、SMILES、InChI、序列等获得结构


反过来,也可通过 菜单栏Structure→Convert Name to Structure→化合物英文名称→获得结构。 


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除此之外,在ChemDraw中可通过SMILES、InChI码、名称、MOL/CDXML等获得结构,网站上复制SMILES、InChI,菜单栏Paste Special→粘贴SMILES/InChI等。


4、对齐方法


我们自己拖来拖去,用肉眼对齐肯定还是会有误差的,那么如何让它们排列成一个舒服的反应式呢?


选中化合物→ 菜单栏Object →Align → T/B centers

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除此之外,Align中包含6个子命令,包括:Left edges(左边缘对齐)、L/R centers(左右中间对齐)、Right edges(右边缘对齐)、Top edges(上对齐)、T/B centers(上下中间对齐)、Bottom edges(下对齐),左右对应的是行对齐,上下对应的是列对齐。


5、一键生成反应物


按住shift键选中两个结合位点→Ctrl+J


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6、美化键长键角


自己绘制的结构可能键长键角会不合理,如何美化变准确呢?


选中结构→菜单栏Structure→ Clean Up Structure或快捷键Shift+Ctrl+K


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7、如何画扁平环或糖


先画一个6元环→ 选套索工具→ 按住shift键向右拉→ 补充亿点点细节


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但是如果你想画椅式构象:


菜单栏View→ Templates→ Hexoses


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8.预测氢谱与碳谱


ChemDraw之强大,其可以很方便地预测已知化合物结构的氢谱与碳谱。


选中化合物→菜单栏Structure→Predict 1H-NMR Shifts或者Predict 13C-NMR Shifts


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9、模式库


菜单栏View→ Open Templates即可打开各类模板库,包括Advanced BioDraw(高级生物绘图)、Amino Acid Side Chains(氨基酸侧链)、Amino Acids(氨基酸)、Anatomy(解剖学)、Animals(动物)、Aromatics(芳环)、Bicyclics(双环)、Microorganisms(微生物)、RNA Templates(RNA模板)等多种模板库


10、快速复制 和 对齐


    众所周知,Ctrl+c/Ctrl+v (Mac上的Cmd)是人类早期使用电脑必备技能,但是放在chemdraw里一个不小心就会变成这样:

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那么chemdraw的特别功能就能很好的解决:按住Ctrl键,直接拖动


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另外,组合使用Ctrl+Shift移动,副本会与之前的对齐


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11.与scifinder,pubchem等网站的结合


选中分子→Add-ins→Search Scifinder


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但是不知为啥,我的查询好慢


除此之外,选中分子→Add-ins→Pubchem GHS LCSS, 会出现一些分子的性质


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12、扩展和收缩标签


   ChemDraw知道哪些结构标签互相对应,比如常见保护基团(Cbz、Boc、TBDMS,Ts)。


   选择菜单栏Structure → Expand Label,就可以看到标签的完整分子


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    反之,选择Contract Label,可以将分子收缩成任何标签


13、基本化学属性


    怎么快速地计算一个化合物的分子质量呢?


    菜单栏View→Show Analysis window 和Chemical property window


    不但有分子质量Mass,还可以看到一些基本的化学属性,比如MW、pKa、MassSpec等等。


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14、如何画化学结构的中心


选中环结构→ 菜单栏点击Structure→ Add Multi Center Attachment,多出的一个星号,为结构中心。


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15、任意选择键长;


    按住Alt键,绘制键时可任意选择键长


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    但是我觉得这个方法对我来说用处不大,我一般点一个原子拉到另外一个原子上,直接就能成键,无论键长短


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16.如何画分子轨道

    左边的纵向菜单栏,点击分子轨道的图标,进行绘画


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17.如何画TLC板


    左边的纵向菜单栏,点击板子的图标,右键可以用来设置Rf值和点的颜色


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18、如何画反应装置


    模式库里我又发现了新的宝藏,惊呆我,功能真的好强大,终于知道高中化学卷子里的反应装置题是怎么出的了~


菜单栏View→ Open Templates → Clipware,part1/2, 浅画了一个


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