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常见问题

化合物结构绘制—Chemdraw

发布时间:2023-02-28 14:13:41人气:1178

 化合物绘制软件—Chemdraw的基本使用

01 ChemDraw的介绍与安装

身边很多朋友经常会问我如何绘制化合物结构,在这里我向大家介绍一款基本的化学结构绘制软件—ChemDraw。这款软件可以绘制化学结构,表示以及相关的反应式,也可以获得所绘制化合物的各种命名,属性等。


下面是安装包的链接

链接:https://pan.baidu.com/s/1b0hwuijhcZeZhvUXUTpssA 

提取码:fm7f 

02 使用ChemDraw绘制2D结构

ChemDraw这个软件分为好几个模块,分别针对于不同的功能,对于结构绘制来说,平时我们使用ChemDraw就可以了。


打开后的页面如下图所示,我们平时绘图主要使用的就是以下的几个工具栏。后面的绘图过程就是依葫芦画瓢的懒人操作了。另外,在这里有几个点,在绘制的时候需要注意一下(选取,单键)

化合物结构绘制—Chemdraw.png

接下来是我绘制一个结构的视频,这里有几个点需要注意一下,双击成键端可修改元素。结构中出现红色波浪线代表结构绘制有错误。画完结构后可以通过选取按钮选取化合物结构,然后使用object>apply object setting 修改成符合杂志要求的化合物的格式进行。

另外,这里再提一下如何输出SMILES格式,通用工具栏中找到Edit>paste Special就可以啦

关于化合物的保存,可以直接将结构复制到word文档中,也可以通过file保存成图片的格式。


03—修改页面大小及插入字符

有时候,我们结构式太大,页面画不下。或者需要插入字符,这时候我们怎么做呢,这是我录制的另一个视频。

04—用于对接的3D化合物绘制


我们平时可能需要3D结构的化合物进行后续研究,比如做分子对接或者3D-QSAR,这时候我们如何得到3D结构呢。一般情况下,各种CADD软件包括Chemdraw自带的Chem3D都是可以的,但是我总觉得用这些软件绘制的时候总是要考虑3D构象,如果我3D空间想象力不好怎么办呢,当然我的3D空间想象力很好。


这种情况下,其实使用ChemDraw绘制2D结构然后保存为MOL格式也是可以作为3D使用的。通过这种方法得到的结构经过后续预处理后可以用于后续研究。这种方式是以我想得到3D结构进行后续研究为前提的。当然如果你想到得到好看的3D结构图,可以使用Chem3D或者其他的绘图软件。



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