生物学软件SnapGene使用介绍

 SnapGene是一款功能强大的分子生物学软件，可用于可视化分子生物学程序，具有创建质粒图谱、模拟分子克隆、PCR、酶切、DNA电泳及序列比对等功能。

界面介绍

1—菜单栏

File：打开、保存、导入文件等。

Edit：编辑、选中、拷贝或插入序列。

View：切换视图。

Enzymes：显示、选择酶切位点。提供酶数据库。

Features：显示、创建并注释序列片段。

Primers：显示、添加、删除、编辑引物。

Actions：模拟PCR等分子克隆。

Tools：序列比对、模拟DNA电泳等。

添加引物  

一般来说，体外进行DNA复制时，由一小段DNA作为复制的起点。起始DNA复制的序列被称为引物。

引物设计除了需要遵循一些普适性的原则和要点外，也需要根据具体的实验要求、DNA序列等来进行具体的分析和设计。在此先简单介绍如何利用SnapGene来添加、编辑或删除引物。

用SnapGene打开一个序列图谱，点击【Primers】-可以看到【Add Primer】【Edit Primer】【Duplicate Primer】【Remove Primer】等多个选项。

可以点击【Add Primer】，先对引物进行命名，输入引物5’端到3’端序列后，点击【Add Primer to Template】。之后即可在图谱中看到添加的引物名称及位置。

添加引物后，可在Primers视图中查看引物信息，例如引物长度、Tm值、结合位点等，有必要时也可在此界面选择或隐藏一些引物。

此外，在Map视图中，如选择显示引物，鼠标悬浮选中引物名称，也可显示引物具体信息，如名称、长度、GC含量、结合位点和Tm值。

2—Map视图下侧边栏

从上至下分别展示

enzymes：可筛选、设置显示特定的酶切位点。

features：显示注释的DNA片段。

primers：显示引物位置和序列。

translations：显示翻译的序列。

colors：自定义DNA序列颜色。

features on the DNA line：更换注释序列的显示位置。

feature labels：显示注释的序列名称。

locations：显示酶切位点、引物等所处的位置。

horizontal map：线性化展示序列图谱。

alignments：显示比对的序列。

模拟DNA电泳  

有时在进行实际分子生物学实验前，我们可以利用SnapGene对一些分子克隆进行模拟。例如我们可以模拟DNA电泳。

有时在进行实际分子生物学实验前，我们可以利用SnapGene对一些分子克隆实验进行模拟，得到理论结果。例如我们可以利用SnapGene模拟DNA琼脂糖凝胶电泳。

用SnapGene打开序列图谱，点击【Tools】-【Simulate Agarose Gel】-选择创建DNA电泳的序列-命名-【OK】-可选择并编辑酶切位点、电泳泳道数目、琼脂糖凝胶浓度、DNA ladder大小等。随后即可看到模拟琼脂糖凝胶电泳结果。

序列比对  

SnapGene除了具有上述功能外，还可以用于序列比对。

在此以DNA测序数据为例：将测序所得实际序列数据与理论序列进行比对。

用SnapGene打开理论序列图谱后，点击【Tools】-【Align to Reference DNA Sequence】-【Align Imported Sequences】选择一条或多条待比对序列，导入后即可在sequence视图下看到比对结果。另外，可参考测序得到的峰图和质量，推测测序结果的准确性。

以上内容就是生物学软件SnapGene使用介绍。

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