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常见问题

SnapGene 的介绍

发布时间:2023-03-30 15:52:45人气:3450

SnapGene该软件功能强大,有报道称‘分子生物学界的瑞士军刀’,足可见其重要的作用及价值,包含了序列编辑和标记、质粒图谱构建、酶切位点分析、序列比对等多种功能,是分子克隆常用的软件之一。

第一部分: 操作页面的简单介绍

1.png可以显示质粒图谱上的酶切位点。


2.png可以显示质粒上元件的名称,并利用不同的颜色标注。


3.png可以显示序列对应的氨基酸序列,质粒图谱的开放阅读框及转录方向。同时,还可查看相应ORF的片段大小、GC%值等相关信息。


4.png可以显示蛋白质序列。


5.png可以显示整个质粒的全部碱基序列。


6.png可以使质粒呈线性显示,方便阅读,操作等。


第二部分:质粒图谱

以克隆质粒pUC57 L0为例,首先我们从NCBI中找到其FASTA文件。然后复制其序列。

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利用SnapeGene中New DNA File打开所复制的序列。

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最终,我们将得到pUC57 L0的质粒图谱(如下)。该图谱上彩色部分,如:ORI(复制的起点), Lac promoter(启动子区域), AmpR(抗性基因);上述具体的作用及功能前文已有详细介绍,可参考学习。

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此外,若习惯于线性的方式来查看相应的序列,相应的位点,也是可以满足的。


我们还可以根据Addgene获得一些质粒的图谱,来进行模拟操作。


第三部分:质粒图谱的编辑

利用SnapGene上质粒图谱,我们可双击图谱上的相应模块,对相关内容进行修改或调整(基于构建质粒的需要)。可以做到编辑序列名称、方向、范围以及颜色标注等信息。

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或者,我们可以基于Sequence进行查看该质粒的序列,并对质粒上相应的元件进行编辑。

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第四部分:引物设计

SnapGene可以满足直接在序列上添加引物,选中一段序列后,软件会直接给出序列长度和Tm值,可以据此调整引物序列,获得想要的序列。点击工具栏中的【Primers】—【Add primers】,进入引物编辑界面,可设计正向或者反向引物。

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第五部分:酶切位点

该软件可看到酶切位点,并根据酶切位点,结合质粒图谱可以选择合适的克隆方式获得自己所想得到的质粒。

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此外,SnapGene功能强大,还可以做序列的比对,克隆过程的模拟,模拟电泳等。本期暂讲述这些内容,后续其功能作用还会继续同大家分享。



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