SnapGene软件_ 对于基因进行标注

通过SnapGene软件进行基因标注

01基因结构

①非编码区

定义

非编码区（Non-coding region）是不能够转录为相应信使RNA，也不能指导蛋白质合成的区段，通常位于编码区前后，同属于一个基因，控制基因的表达和强弱。

功能

在非编码区上含有RNA聚合酶结合位点、启动子、回文序列等，可以调控遗传信息的表达。

②编码区

 定义

编码区是细胞DNA的一部分，是能够转录信使RNA的部分，可以合成相应的蛋白质。

 功能

  转录出mRNA，指导蛋白质合成。

③增强子

增强子是DNA上一小段可与蛋白质结合的区域，与蛋白质结合之后，基因的转录作用将会加强。增强子可能位于基因上游，也可能位于下游，且不一定接近所要作用的基因（由于染色质的缠绕结构，可以使序列上相隔很远的位置也有机会相互接触）。

④启动子

 启动子是RNA 聚合酶识别、结合和开始转录的一段DNA 序列，含有RNA 聚合酶特异性结合和转录起始所需的保守序列，多数位于结构基因转录起始点的上游，启动子本身不被转录。

⑤外显子

  外显子（expressed region）是真核生物基因的一部分。它在剪接（Splicing）后会被保存下来，并可在蛋白质生物合成过程中被表达为蛋白质。外显子是最后出现在成熟RNA中的基因序列，又称表达序列。

⑥内含子

内含子（Intron）又称间隔顺序，指一个基因或mRNA分子中无编码作用的片段，是真核生物细胞DNA中的间插序列。这些序列被转录在前体RNA中，经过剪接被去除，最终不存在于成熟RNA分子中。

注：

1）只有真核生物才有内含子和外显子。原核细胞只有编码区和非编码区，没有内含子和外显子之分。

2）外显子属于编码区。含有外显子的基因能转录出前体RNA，再由内含子转录出来的部分进行自我切割，才得到成熟的mRNA，没有内含子也就没有自我切割。

⑦CpG岛

  CpG双核苷酸在人类基因组中的分布很不均一，而在基因组的某些区段，CpG保持或高于正常概率。CpG岛主要位于基因的启动子（promotor）和第一外显子区域，是富含C、G核苷酸的一些区域，长度为300—3000bp。

Gene structure

02查询需要标注的基因序列

（以CCNB1基因为例）

  ①CCNB1基因序列

   打开UCSC网站，输入CCNB1基因进行查询，并进入CCNB1界面。

   进入以后，点击Sequence and Links to Tools and Databases下的Genomic Sequence选项。

   设置好适宜的参数后，即可获取CCNB1基因序列。

注：在NCBI网站中，是查询不到基因上下游序列的。

  ②启动子序列

   我们取转录起始位点上游2000nt区域为所选的启动子区。

  ③外显子与内含子序列

   在得到CCNB1基因序列后，可以看到序列中所有大写的基因序列即为外显子序列。

  ④CpG岛

   在CCNB1基因界面中选择CpG: 38。

   进入CpG岛界面后，点击View DNA for this feature。

设置好参数后，即可得到CpG岛的序列

03在snapgene软件上进行基因的标注

①导入基因序列

  首先将查询到的CCNB1基因序列粘贴到snapgene软件中，并输入基因名称。

②对于基因进行标注（以CpG岛为例）

  按住“Ctrl+F”，在搜索框中输入预先查询到的CpG岛序列，点击工具栏中“Features”——“Add feature”，设置颜色及名称，即可添加标注。

③完成标注

  按以上方法分别添加外显子与启动子，再将左侧工具栏中的开放阅读框打开，即可完成CCNB1基因的简单标注。

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