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如何创建和配置琼脂糖凝胶模拟?
打开“模拟琼脂糖凝胶”对话框
打开模拟琼脂糖凝胶对话框,单击工具→模拟琼脂糖凝胶....
选择一个或多个输入序列

通过以下一种或多种方法选择要在凝胶上显示的序列:
选择然后拖拽一个或多个文件到“模拟琼脂糖凝胶”窗口
点击选择DNA序列→选择序列文件来浏览和选择计算机上的文件
点击选择DNA序列→选择打开序列选择当前在SnapGene中打开的文件
选择一个或多个序列,单击“移除”,移除序列。
请注意,如果您不添加任何序列并单击OK,那么将创建一个“空”凝胶。您可以在凝胶创建后添加序列。
设置输入序列的顺序
选择一个或多个序列,并使用箭头按钮重新排序序列。
命名凝胶文件
SnapGene6.0及更高版本允许您保存琼脂糖凝胶文件。
为新的凝胶文件输入一个合适的名称。
单击OK创建凝胶。
选择一个MW标记
如果您不使用默认的泳道,那么在凝胶上或列表中选择Lane1,并通过下拉菜单选择新的MW标记。
向凝胶中添加额外的序列
要选择泳道,请单击凝胶上方的数字,或单击列表中的泳道号,然后单击下拉菜单以选择所选泳道的序列。
或者,将序列文件拖放到凝胶中,将其添加到选定的泳道中。
查看凝胶
SnapGene5.2及更新版本可以准确模拟超螺旋(共价闭合环状)DNA的相对迁移速率。
在使用限制性内切酶指定消化之前,SnapGene将模拟环形序列作为超螺旋DNA的迁移。未切割的超卷曲序列将在列表中这样标记。

最初,所有的序列将显示为未切割的DNA。圆形序列将显示为超螺旋片段。
选择PCR产物
选择带注释引物的泳道/序列,并使用下拉菜单选择“amplificationbyPCR”。或者,在Map或Sequence视图中点击引物,自动切换到“amplificationbyPCR”选项。
使用下拉菜单设置PCR引物对,或在Sequence或Map视图中,单击第一个引物,然后shift-click第二个引物设置引物对。
所选引物对产生的PCR产物将显示在凝胶上。
序列摘要

选择一个泳道/序列进行酶切,默认情况下泳道将被设置为“cutwith”。
使用下拉菜单指定最多4种酶,对所选序列进行酶切。
另外:
在提供的字段中键入酶的名称
在Map或Sequence视图中选择一个酶位点(如果有酶位点显示)
用选定的酶切产生的片段将显示在凝胶上。
可选:指定凝胶缓冲超螺旋序列
根据电泳缓冲液的不同,超卷曲DNA相对于线性DNA的迁移显著不同。

如果您希望更改用于模拟超螺旋DNA迁移的电泳缓冲液,请单击蓝色缓冲液指示器打开SnapGenePreferences。

选择新的所需缓冲区,然后关闭Preferences窗口。
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