conda-最方便快捷的软件下载器,没有之一。它的作用就相当于App store,90%以上的软件都能搜到,一键安装。

安装最新版Anaconda
获取Anaconda
访问 Anaconda官网,找到Linux版本的下载链接(通常是.sh文件)。
sh是脚本(就是一个程序,后台的代码)文件的后缀,也就是说其实这是一个下载的脚本,如果你安装失败了,这个脚本是不需要重新下载的,还是可以用的。
也可以直接在bash中输入以下命令获取最新版:
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-<版本号>-Linux-x86_64.sh
注:替换<版本号>为最新版本号
运行安装脚本
赋予脚本执行权限:
chmod +x Anaconda3-*.sh
执行安装:
bash Anaconda3-*.sh
验证安装
完成安装后,可通过以下方法验证是否成功安装
检查conda版本:
conda --version
若安装成功,输出类似:
conda 24.5.0。
列出已安装包:
conda list
配置conda镜像
安装软件需要配置镜像: 所谓镜像网站,相当于主网站的副本,conda在国外,我们在国内下载软件速度会很慢,从镜像网站下载,可以加快下载速度。
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
使用conda
以blast的安装为例
执行以下命令进行安装
conda install blast
查看安装是否在成功及使用方法
blastn/blastp/blastx/tblastn/tblastx -h
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