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conda安装及使用:技术详解

发布时间:2025-02-25 21:27:50人气:141

conda-最方便快捷的软件下载器,没有之一。它的作用就相当于App store,90%以上的软件都能搜到,一键安装。

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安装最新版Anaconda

获取Anaconda 

访问 Anaconda官网,找到Linux版本的下载链接(通常是.sh文件)。


sh是脚本(就是一个程序,后台的代码)文件的后缀,也就是说其实这是一个下载的脚本,如果你安装失败了,这个脚本是不需要重新下载的,还是可以用的。


也可以直接在bash中输入以下命令获取最新版:


wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-<版本号>-Linux-x86_64.sh


注:替换<版本号>为最新版本号


运行安装脚本 

赋予脚本执行权限:

chmod +x Anaconda3-*.sh


执行安装:

bash Anaconda3-*.sh


验证安装 

完成安装后,可通过以下方法验证是否成功安装


检查conda版本:


conda --version


若安装成功,输出类似:


conda 24.5.0。


列出已安装包:


conda list


配置conda镜像 

安装软件需要配置镜像: 所谓镜像网站,相当于主网站的副本,conda在国外,我们在国内下载软件速度会很慢,从镜像网站下载,可以加快下载速度。


conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/


conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/


conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/


conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/


conda config --set show_channel_urls yes


使用conda 

以blast的安装为例


执行以下命令进行安装


conda install blast


查看安装是否在成功及使用方法


blastn/blastp/blastx/tblastn/tblastx -h



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