CryoSPARC软件介绍

CryoSPARC软件介绍

CryoSPARC v4.5 现已推出

具有新的显微照片降噪器、自动 2D/3D 类别选择、本地文件上传等。

释放冷冻电子显微镜的潜力

CryoSPARC系列

CryoSPARC 是用于研究和药物发现管道的最先进的冷冻电子显微镜 （cryo-EM） 科学软件平台。

软件系统

CryoSPARC是全球值得信赖的冷冻电镜数据处理完整解决方案。

对原始冷冻电子显微镜数据进行超快速的端到端处理，并重建电子密度图，随时可以导入到模型构建软件中。

从预处理到粒子拾取、2D 粒子分类、3D 从头开始结构确定、高分辨率细化和异构性分析，所有阶段的优化算法和 GPU 加速。

用于治疗相关靶点、膜蛋白、连续柔性结构的专业化和独特工具。

交互式、视觉化和迭代式实验，适用于最复杂的工作流程。

CRYOSPARC LIVE

跟上数据收集的步伐

CryoSPARC Live™ 是 CryoSPARC 平台的扩展，可在实时数据收集过程中实现实时冷冻电镜数据质量评估和决策，并为处理现有数据提供快速、简化的工作流程。

解决 方案

从单颗粒冷冻电镜数据中提取有价值的见解

CryoSPARC 将 3D 重建算法的强大创新与专门设计的软件相结合，提供简化的端到端单颗粒冷冻电镜工作流程。使用适用于膜蛋白、异质样品和柔性分子的先进工具，快速求解生物学重要靶标的高分辨率结构。在 GPU 上几分钟内处理 3D 优化。

最新发布

CryoSPARC v4.5.3

此版本包含各种稳定性改进：

新增功能

检查是否损坏 Micrographs 作业测试并分离无法从磁盘成功读取的显微照片文件。

优化作业的默认参数已更改，因此作业默认使用从输入粒子中分离的半集分割。这确保了重复应用基于参考的运动校正和细化不会导致半集的混合。“粒子集工具”作业现在还具有平衡不相等的半集分割的选项。

方向诊断在仅 CPU 工作节点上不再失败，并在集群上启动时请求正确数量的 CPU。

现在，“方向诊断”作业中的相对信号图不那么拥挤了。

Topaz Extract 作业现在允许以估计粒子直径为单位输入提取区域半径参数。

当缺少某些路径时，导入结果组不再无法导入曝光。

手动排除类别时，“重新分组 3D”不再输出不正确的粒子。

修复了以下问题：对于某些大型 CryoSPARC Live 会话，滚动浏览暴露源以显示较早的暴露有时可能导致应用程序服务器因内存泄漏而崩溃。

过多的 UserWarnings 不再打印在作业日志输出中。

的默认值现在延长至 60 秒。CRYOSPARC_JOB_LAUNCH_TIMEOUT。

CryoSPARC v4.5.1 版本

此版本包含各种稳定性改进：

由于以下原因，Micrograph Denoiser 在启动时不再失败PicklingError

“导入影片”作业卡上的比例尺现在大小正确

在尝试通过本地上传工具将文件保存到上传目录时，优雅地处理丢失的块。

CryoSPARC v4.5

我们很高兴地宣布 CryoSPARC 的又一个版本！版本 4.5 包括新的显微照片降噪器、使用参考的自动 2D/3D 类选择、直接通过 UI 上传文件、工作流程改进、方向诊断、3D 分类和运动校正、用于处理和对齐多个 3D 体积的新工具，以及许多功能更新、修复和优化！

新增功能

Micrograph Denoiser BETA 工作在显微照片图像中产生增强的对比度，以帮助颗粒拾取和目视检查。

Micrograph Denoiser 使用一种神经网络模型，该模型可以在几分钟内在单个 GPU 上从新数据集中训练出 100 次曝光。然后，可以将经过训练的去噪器用于来自相同或不同数据集的新显微照片。此外，还可以使用预训练的通用降噪器模型，无需任何培训。

降噪器模型设计用于在广泛的散焦和对比度级别范围内工作。

去噪显微照片可以无缝用于斑点和模板拣选工作，并可以显著改善拣选结果。默认情况下，去噪的显微照片也会显示在所有交互式作业中，从而使显微照片的目视检查变得容易。

新增功能

现在，可以使用新的基于参考的自动选择 2D BETA 和基于参考的自动选择 3D BETA 作业自动选择 3D 类或给定 2D 参考的 3D 类。

这些作业将类与参考量对齐并进行比较，并根据分数阈值或聚类选择类。

可以在数据集上设置一次作业，然后可以允许使用工作流对新的相似数据集进行一键式自动处理。

这些作业还可以轻松地从具有大量异质性的数据集中的数百个 2D 类或数十个 3D 类中进行排序和选择。

基于参考的自动选择 2D 和 3D 结果

新增功能

直接在浏览器中将文件从本地计算机上传到 CryoSPARC 系统。这项新功能简化了涉及本地可视化和文件（如 3D 地图或蒙版）编辑的工作流程。上传的文件将保存到选定的项目目录中，并可以导入并在作业中使用。在指南中阅读更多内容。

将本地文件上传到 CryoSPARC

新增功能

“方向诊断”作业现在会报告“相对信号”（Relative Signal），这是一种新的诊断方法，可帮助直接识别影响地图质量和 cFAR 分数的代表性不足的视图。通过考虑傅里叶半贴图的环形截面内的 FSC 来计算相对信号，以将 3D 信号质量与观看方向相关联。生成了两个新图，显示了观察球上相对信号衰减的位置，并带有样本投影和嵌入式结构以简化解释。

方向诊断结果

新增功能

新的“重新平衡方向”作业从过度填充的观察方向区域中移除粒子。当粒子具有高度不均匀的取向分布时，重新平衡观察方向可以改善下游细化。

Rebalance Orientations 结果

新增功能

生成多个 3D 体积的作业（例如 3D 分类、异构细化、3D 可变性显示等）现在输出包含多个体积的“体积组”输出，并且可以通过单个输入连接连接到下游作业。这样就可以无缝处理任意数量的 3D 体积，并使用工作流实现自动化。

新增功能

Align 3D Maps 已使用新的 3D 对齐方法重新实现，以提高体积对齐的稳健性和精度。此外，它现在可以：

在搜索 over handedness 时更新粒子对齐，

转换与输入音量插槽关联的所有映射和蒙版，

并接受不同框和像素大小的输入。

对齐 3D 地图结果

新增功能

文件浏览器现在具有一个可扩展的侧边栏，用于搜索和导航到项目目录。为常用访问的目录添加书签，以便以后通过侧边栏访问它们。在指南中阅读更多内容。

更新了文件浏览器

新增功能

改进了作业的“输入和参数”选项卡，现在可在摘要视图中显示其他输入组信息，同时保留查看低级别连接详细信息的选项。默认情况下，仅显示自定义参数，从而更容易识别为特定作业设置了哪些参数。

更新了“输入和参数”选项卡

新增功能

现在，其他信息标签会显示在作业卡上，其中包含有用的统计信息和摘要数据，适用于更多作业，包括导入体积、曝光策展、曝光集工具和螺旋细化。新的快速操作允许在典型工作流中快速创建和连接更多作业类型。

新增功能

现在，当悬停在鼠标上时，作业侧边栏的“详细信息”部分会显示更全面的父作业、子作业和克隆作业的摘要，包括作业类型、状态、摘要统计信息和自定义参数。

在侧边栏中查看相关作业

更新

添加了对 Falcon C 相机电影（2k x 2k 物理像素）的支持。.eer

更新

工作流的各种更新：

新的重建系统允许在更新现有工作流时保留注释和设置。

现在，通过在工作流应用对话框中选择或创建项目和工作区，可以从应用程序的任何位置应用工作流。

添加了过滤器控件，以允许折叠/展开侧边栏中的所有作业，按标记的作业进行过滤，以及导航到选定的作业。

为了简单明了，编辑对话框中的“分叉”选项已替换为“新建”选项。

重建工作流

更新

对基于参考的运动校正 BETA 版的各种改进：

现在，在作业开始时，输入粒子会根据其对齐的位移重新居中。此功能可以关闭。现在可以覆盖电影的上采样因子。.eer

该工作已得到改进，明显更加稳定。添加了一个选项，以防止在输入动画包含不同的帧计数时崩溃（默认情况下，该选项处于关闭状态）。此选项依赖于以下假设：最常见的帧计数是“正确的”，并且会丢弃与该帧计数不匹配的电影。如果粒子之间的距离导致奇异协方差矩阵，则作业也不再终止，因为现在使用伪反演。在FCC图的最高频率列中获得NaN值的机会（由于FSC截止频率附近的低信号）已大大降低。如果上游运动校正跳过了电影的第一帧，则作业也不再崩溃。

现在，该作业会将被拒收的影片或粒子输出为单独的输出组。轨迹图现在可以正确反映显微照片的纵横比。低电平输入现在是可选的（必须提供模板，但如果使用单独的静态模板连接，则无需存在）。mask_refinemask_refine

现在可以防止负责生成 2D 参考投影的 GPU 也计算轨迹估计值。使用此选项可减少 VRAM 消耗，但至少需要使用 2 个 GPU。

更新

现在，优化作业在每次迭代时都会生成 cFSC 汇总图，从而在整个优化过程中实现各向异性跟踪（包括均匀、非均匀、螺旋和局部优化）。基于 GPU 的核心 cFSC 计算的新的快速实现增加了最小的开销，对于典型的盒子大小，只需要不到一秒的额外计算时间。

细化 cFSC 摘要图

更新

对 3D 分类的几项改进：

根据 3D 变异性分析，“目标分辨率”参数已重命名为“滤镜分辨率”，并且必须明确设置才能运行作业。此外，默认情况下，基于 RMS 的辅助收敛条件现在处于打开状态。这个次要标准可以显着减少运行时间，而不会对最终的班级数量产生实质性影响。

该作业现在包括粒子预处理和对称性执行，并且现在默认情况下会关闭类重新排序，以避免可能的混淆。

现在，工作图块图形已改进，以显示班级 ID、相对人口以及每个班级的与共识的差异预测更加明显。

更新

在 Downsample Particles中，用户现在可以在傅里叶裁剪后指定所需的近似像素大小，而不是如果需要，直接指定傅里叶裁剪框大小。

更新

现在，3D Flex Generator BETA 潜空间图根据 3D 变形相对于原点的归一化差异进行着色。值越大，表示潜在空间的区域编码了粒子的更大幅度的弯曲。

3D Flex 潜在分布结果

更新

Regroup 3D 现在允许在重新分组之前对齐体积，以及在重新分组后对齐超类内的体积。现在，它还允许将所有卷重新组合到一个超类中。

重新组合 3D 结果

更新

“手动选取器”交互式作业现在每 10 秒将手动选取的粒子位置写入磁盘，以最大程度地减少作业崩溃时的数据丢失。

更新

v4.4 中引入的新的、更可靠的 SSD 缓存系统现在默认启用。它还具有可配置的分布式锁定策略，当多个正在运行的作业同时访问 SSD 缓存时可以使用;在大多数情况下，默认策略是最好的，但对分布式文件系统（如 GPFS 和 BeeGFS）上的缓存使用该策略，其中 POSIX 锁被禁用或不可用。有关详细信息，请参阅指南。master

更新

现在，删除项目会完全删除磁盘上的项目文件夹，而不是留下一个空文件夹。

更新

现在可以删除已存档的项目。删除存档的项目将清除对该项目的任何剩余数据库引用，并应清理磁盘上的更多空间。已删除的已存档项目无法取消存档。有关存档的更多详细信息，请参阅《数据管理指南》。

更新

已存档、分离或删除的项目无法再与其他用户共享。

更新

降低了某些实用程序作业的默认 RAM 要求。

更新

如果可用的 RAM 量小于作业请求的 RAM 量，则作业将在启动前提供警告。

更新

如果作业无法正确生成其直通输出，则作业在完成时将不再失败。相反，他们将发出警告并继续完成，可能会丢失直通。

更新

现在，“从 CryoSPARC Live 会话运行导出暴露”可提供有关会话中设置的策展阈值的附加信息。

更新

当维护模式处于活动状态时，当查看 CryoSPARC Live 会话时，标题中将显示一个横幅，向用户传达不会对其他作业或会话进行排队。

更新

能够为 CryoSPARC Live 会话指定任意数量的预处理 GPU 工作器。

更新

Curate Exposures 交互式作业现在可以加载在 CryoSPARC Live 中生成的显微照片缩略图。

更新

“导入 3D 体积”中的导入现在按字母顺序排序。

更新

“音量工具”现在报告输入音量的质心（如果它是蒙版）。

更新

体积对齐工具现在具有根据提供的蒙版的质心自动将输入体积和粒子重新居中的选项，这对于局部细化特别有用。

更新

Local Refinement 的支点坐标和体积对齐工具的 3D 中心坐标现在可以使用像素 （px） 或埃 （A） 的单位来指定。

更新

体积对齐工具的 3D 旋转角度现在可以使用弧度 （rad） 或度数 （deg） 为单位进行指定。

更新

类概率过滤器现在支持新的粒子场。alignments3D_multi

更新

“重新平衡 2D 类”现在始终生成“已选粒子”输出，其中包含来自所有超类的选定粒子。

更新

添加了参数 ， ， 并允许用户自定义异构细化中使用的球形掩模。默认行为仍然相同。Use spherical maskSpherical mask diameter (A)Spherical mask diameter outer (A)

更新

如果未连接单独的模板输入，则方向诊断现在将使用输入音量连接中存在的模板。mask_fsc_auto

更新

3D Flex Generator 现在输出一个文件，用于保存每个粒子的训练网格变形（流动）。JXX_particle_flows.npy

更新

3D Flex 训练作业中的新参数允许 3D Flex 在从 3DVA 潜伏点训练时更好地保留 3DVA 运动。Freeze latents during training

更新

现在，当作业完成时，“检查粒子拾取”会在作业的事件日志中显示拾取统计信息直方图，包括显示所选阈值的边框。

更新

在按住鼠标中键时，交互式作业和 CryoSPARC Live 中的曝光查看器始终会平移，从而在执行手动拾取或测量等操作时能够围绕曝光进行导航。

更新

现在，如果连接了对称扩展粒子，则使用全局姿态搜索进行优化会引发警告。

更新

减少了 Topaz 预处理作业的默认工作线程和线程参数。

更新

根据参数中指定的 CPU 数量和工作线程数量，正确设置 Topaz 作业的 CPU 资源要求。

更新

向 Topaz 作业添加了一个参数，选项为“手动”或“自动”。如果设置为手动，用户将像以前一样输入。现在的默认值是自动的，用户输入后，将根据所使用的模型类型自动计算下采样因子。Downsampling modeDownsampling factorEstimated particle diameter (A)

更新

处于“聚类&拆分”模式的 Exposure Group Utilities 现在遵循“Starting Exposure Group ID”参数。

更新

用于排队到集群的方法的新参数。cluster_varsJob.queue

更新

允许在项目目录中对项目外部的文件执行复制或符号链接操作。

更新

替换了基于参考的运动校正中的“输出 F 裁剪因子”参数，能够直接指定所需的输出框大小。

以前，优化作业在每次迭代时都会在数据库中记录内部运行时摘要统计信息。来自中间迭代的统计信息是不必要的，并且不再生成，并且在更新到 v4.5 时，数据库中现有的中间统计信息将在迁移中被删除。我们预计，由于已删除数据的大小，在查看作业或与作业交互时，此更改将显著提高 Web 应用中的性能。

在正常读取 .eer 电影期间来自 libtiff 的重复警告消息已被禁止，从而减小了作业日志的大小。

修复了在 CryoSPARC Live 会话中选择从头开始卷后无法取消选择的 bug。

修复了以下问题：可以分离仍在计划程序中排队的作业的项目。

修复了一个 bug，如果子进程异常终止，该 bug 可能会导致运动校正和 CTF 估计作业永远冻结。

阻止应用以前下载的补丁，这些补丁不适用于 CryoSPARC 的当前版本。

修复了导入影片的缩略图可能无法正确放大的问题

修复了 v4.4 中引入的一个 bug，该 bug 会导致 Patch Motion Correction 作业在清除并重新运行时失败，这是由于缺少经验剂量权重的输入。

Patch Motion Correction 现在可以正确更新曝光元数据中的帧计数，以防导入作业记录错误（例如，如果使用了“跳过标题检查”）。这将有助于 Reference Based Motion Correction 为帧数不匹配的电影预先筛选其输入电影，从而可能避免崩溃。

允许使用带有基于参考的运动校正的作业车。

修复了可能导致本地运动校正在作业结束时在计算摘要统计信息时崩溃的问题，否则会成功运行。

修复了在具有连接粒子输入的手动策划曝光作业中未正确计算粒子直径的问题。

解决了 Inspect Particle Picks 中的一个 bug，该 bug 即将从去噪显微照片中拾取的粒子会报告超出 [0,1] 的 NCC 分数，从而导致过滤器无法访问它们。

修复了 2D 分类中的一个 bug，即如果启用硬分类，粒子的后验分数将为 0 分配，从而导致“选择 2D”和后续作业中的粒子计数不正确。

在 2D 分类中添加了显微照片像素大小的覆盖参数，以修复在版本 4.5 之前的粒子数据集上，重复粒子移除使用了错误的显微照片像素大小的问题。

修复了 2D 分类图，使其与“选择 2D 类别”作业保持一致。

修复了螺旋细化中的问题，即如果禁用灰度估计，输入刻度之前会重置为 0。

修复了 3D 分类中的绘图错误，该错误导致焦点蒙版沿每个轴从其真实位置偏移一个像素。

现在，当最大和最小拟合分辨率不兼容时，全局 CTF 优化会引发显式错误。

如果在单个曝光组中发现不一致的像差值，则启用了全局 CTF 优化的优化现在会在作业开始时失败，而不是在中途失败。

修复了会阻止 3D 可变性显示在聚类模式下跳过重建的 bug。

删除了 3D 变异性中聚类图的下载 PDF 选项;由于绘制的点数众多，因此 PDF 需要很长时间才能打开。

修复了具有某些拓扑的 -format 3DFlex 网格分割文件会失败的问题。.seg

修复了 -format 3DFlex 网格分割文件跳过第一段的问题。.mrc

粒子集工具现在可以正确使用粒子的文件路径及其在文件中的索引，以便在按路径相交时识别匹配项。

修复了以下问题：对称扩展和体积对齐工具会忽略任何其他粒子斑点槽（包括由 Flex Data Prep 生成的粒子斑点槽，例如 ）。blob_train

在“模拟数据”中，修复了加性噪声方差的计算。增加的噪声不再错误地取决于所选的CTF参数。

当某些输入粒子文件是解析为同一文件的符号链接时，SSD 缓存系统不再失败。

当一个实例的环境处于活动状态，同时为另一个实例运行命令时，防止无效的多实例访问。cryosparcm

修复了一个 bug，该 bug 会导致 Gctf 包装器作业在未设置时失败。LD_LIBRARY_PATH

在创建或附加时规范化项目目录名称，以避免数据库中出现重复条目。

当指定的 Benchmark 数据目录中有尾部斜杠时，更正 Benchmark 作业目录访问。

限制意外克隆某些 Live 管理的作业。

修复了某些作业（例如。Manually Curate Exposures） 将因控制字符被错误解释而失败。

修复了以下问题：当窗口调整大小时，3D 可变性显示的交互式散点图不会更新其布局。

作业 PDF 报告现在会说明运行作业时使用的 CryoSPARC 版本，而不是下载报告时正在运行的 CryoSPARC 版本。

解决了预览作业时作业输出图像预览未显示在“输出”选项卡上的问题。

CryoSPARC v4.4.1+240110

10月 2024， <>

这是一个补丁版本。了解如何将补丁应用于您的实例→

cryosparcm命令，并且在成功完成后不再显示分段错误。configuredbpatch

项目和作业大小更新的日志消息不再包含不一致的计数。

修复了 v4.4.1 中引入的问题，即基准测试作业无法完成 GPU 引擎基准测试。

如果在模式下配置了 GPU，则基于参考的运动校正不再失败。EXCLUSIVE_PROCESS

CryoSPARC v4.4.1 版本

5月 2023， <>

此版本包含各种稳定性改进：

更新

音量查看器现在支持更多类型的音量输出：、、、、mapmap_sharpmap_alignedmap_half_Amap_half_Bmap_symmap_sym_sharpmap_filteredmap_3DFSC

更新

现在，如果指定的目录不包含要取消存档的同一项目 UID，则尝试取消存档项目将失败。检查目标项目目录的文件，以查看它是否与 UI 中所选项目的 UID 匹配。project.json

更新

Exposure Group Utilities 现在在构建时而不是运行时创建 和 输出组，从而可以在工作流中使用作业。exposureparticle

更新

Align 3D 的输出组现在输出与输出相同的输出，用于启用与优化作业输入组的拖放连接。volumemapmap_aligned

更新

基准测试作业现在包括一个新的基准测试，用于测试支持的最低硬件规格（32GB DRAM、11GB VRAM）。GPU 基准测试现在还允许任何特定基准测试失败，而不会停止整个基准测试工作。class3D-small

修复了默认蓝图“2D 分类（小颗粒）”因缺少自定义参数而失败的问题。

修复了导致 3DVA 显示作业在构建时有时会复制上游 3DVA 组件插槽的问题。

修复了导致“删除重复粒子”和“2D 分类”偶尔失败并出现 AssertionError 的问题。

修复了在“曝光策展”中切换去噪显微照片显示的功能未显示的问题。

修复了导致 I/O 错误消息显示而未说明失败具体原因的问题。

修复了在使用缺陷文件时可能导致基于参考的运动校正崩溃的问题。

修复了以下问题：基于引用的运动校正可能会崩溃，并在赋值之前显示有关被引用变量“uid”的消息。

将用于基于参考的运动校正的每部电影的内存限制从 100 GB 增加到机器的物理 RAM。

修复了在设置了滤镜的曝光策展卡视图中手动拒绝曝光时缩略图未更新的问题。

从蓝图创建作业时，项目级别参数默认值会重置更长时间（将蓝图应用于现有作业时，所有参数仍会重置）。

当只选择一个模板时，Live 中的模板选择不再失败。

在旧版本的CryoSPARC中删除的外部依赖项将不再安装。

修复了从备份还原时未检查所有必需目录是否存在的问题。

MONGO_EXTRA_FLAGS安装后，将不再包含在默认配置文件中。

CryoSPARC v4.4.0+231114

十一月14 2023

这是一个补丁版本。了解如何将补丁应用于您的实例→

更新

改进了驱动程序版本不正确时的错误消息

在v4.4之前创建的会话中，CryoSPARC Live会话工作器作业在颗粒拾取期间不再失败

在 v4.4 之前创建的 CryoSPARC Live 会话在暂停和导出颗粒期间不再失败

当粒子斑点不可用时，类概率过滤器作业不再失败

基准测试作业在多个 GPU 上正确运行

如果基准数据不在项目目录之外，基准测试作业将不再失败

默认蓝图中的小颗粒参数定义现在是正确的

CryoSPARC v4.4

十一月8 2023

我们很高兴地宣布 CryoSPARC 的又一个版本！版本 4.4 包括工作流程和蓝图、基于参考的运动校正、用于方向诊断的新工具、许多功能更新、性能优化和各种稳定性增强。

新增功能

CryoSPARC 现在捆绑了 CUDA 工具包 11.8;CryoSPARC 工作器应用程序不再需要单独的 CUDA 工具包安装。

BREAKING：CryoSPARC v4.4 需要 NVIDIA 驱动程序版本 520.61.05 或更高版本。

新增功能

工作流和蓝图简介：

工作流：通过工作流，可以轻松复制以前完成的处理。选择一系列作业以创建模板化处理工作流，只需单击一下即可在任何项目或工作区中重新创建它。使用描述和标签注释工作流，设置默认或锁定的参数选项，并轻松地将工作流从一个 CryoSPARC 实例共享到另一个实例。

创建和应用工作流

工作流程非常灵活。例如，您可以创建一个线性工作流，该工作流从导入作业开始，一直进行细化，以便更轻松地使用现有步骤集处理新数据集。或者，您可以选择处理工作流程中希望重复用于探索性处理的一部分（例如，用于分选颗粒或分离异质性）。

使用工作流可以节省时间，保持一致性和可重复性，并捕获特定于目标或特定于设施的重要处理细节和模式，以便新用户可以抢占先机。

观看教程视频并阅读深入的工作流指南以开始使用。

Blueprints: Blueprints allow you to define custom parameters and annotations as a template for any job type. Apply the Blueprint to an existing job or create a new job from a Blueprint directly from the job builder, in any workspace or project.

创建蓝图

通过创建蓝图来节省时间并避免输入参数值时出错，例如，为特定显微镜设置导入作业，为特定蛋白质类型或大小的分类和细化作业，为特定计算配置设置等。

创建蓝图以避免在项目中搜索特定作业类型的先前运行的参数。轻松将蓝图从一个 CryoSPARC 实例导出、共享和导入到另一个实例。

阅读深入的蓝图指南以开始使用。

新增功能

CryoSPARC 中基于参考的运动校正 （BETA） 通过使用参考体积重新估计每个粒子的运动轨迹来提高最终分辨率和映射质量，类似于贝叶斯抛光（Zivanov 等人，2019 年）。

在运行基于参考的运动校正之前，必须对输入影片运行补丁运动，并通过 3D 细化来提取粒子。

来自3D细化的参考密度和粒子位姿用于返回到输入电影，并重新提取具有优化运动轨迹的粒子。基于参考的运动校正是多 GPU 加速和优化的，并包含一种新的超参数优化方法。

基于参考的运动校正概述

该作业还通过将对齐的粒子与参考密度进行比较来计算最佳经验剂量权重，并使用这些权重来加权输入电影的早期和后期帧的贡献。这种剂量加权通常是基于参考的运动校正改善的很大一部分原因。在 CryoSPARC v4.4 中，Patch Motion 校正现在可以接受经验剂量权重作为输入，例如来自先前处理类似数据集的输入，因此可以从处理流程开始就应用经验剂量权重。

基于参考的运动校正经验剂量权重

基于参考的运动校正还可以同时对来自多个异构类别的粒子进行运动估计，并在每张显微照片中使用来自所有类别的粒子来约束运动轨迹，与单独处理每个类别相比，可能会改善结果。

观看详细的教程视频，了解如何使用该作业，并阅读作业文档，了解该方法的理论和更多详细信息。

新增功能

方向诊断，一项快速计算一组易于解释的诊断值的工作，用于识别 3D 细化结果中的方向偏差和各向异性信号含量。使用两个互补的统计数据快速识别潜在的数据收集、样品制备或颗粒拾取/整理问题：锥形 FSC 面积比 （cFAR），对信号内容和对齐中的各向异性敏感，以及采样补偿因子 （SCF*），对对对中的各向异性敏感（Baldwin 和 Lyumkis，2020 年）。

几个新的诊断图允许对FSCs和颗粒尺度因子的方向变化进行深入分析。生成的诊断包括以前由 3DFSC 包装器作业生成的值和绘图，该作业现在是旧版作业。

阅读有关如何使用作业的教程，并阅读作业文档，了解有关该方法的理论和更多详细信息。

方向诊断

新增功能

非均匀细化速度最高可提高 2 倍：非均匀交叉验证正则化的核心计算在 GPU 上进行了优化，速度提高了 7 倍到 10 倍。这意味着非均匀优化作业以及启用了非均匀正则化后的螺旋和局部优化作业的总运行时间大约快 2 倍。

非均匀细化加速

新增功能

3D Flex 重建作业现在支持高分辨率重建期间的 CTF 像差。此外，现在还有一个选项，可以在重建过程中从 SSD 缓存或项目目录中读取粒子，而不是将所有粒子加载到 RAM 中。此选项大大降低了重建的 CPU RAM 要求。

此外，3D Flex 依赖项现在与 CryoSPARC 捆绑在一起，不再需要单独的在线安装步骤。3D Flex 现在支持最新的 NVIDIA GPU 计算能力 8.9 和 9.0。

新增功能

对称松弛：现在有一个选项，可以在 Homogeneous 和 Non-Uniform Refinement 中放松对对称相关视图的姿势搜索。

“均匀重建”中提供了“打破对称性”选项，该选项将粒子姿态随机分布在选定的对称组上。

对称松弛

新增功能

float16 支持：粒子和运动校正的显微照片现在可以通过运动校正和提取作业中的新参数以 16 位浮点格式输出。这可以将大型项目的磁盘使用量减少一半。输出选项也可以设置为项目级默认参数。float16

新增功能

AFIS 波束位移导入：在“导入动画”和“导入显微照片”中，现在可以直接导入通过无像差图像位移 （AFIS） 方法在 EPU 中收集的数据的光束位移值，并根据光束位移值聚类创建曝光组。

对于 CryoSPARC 中的现有暴露数据集，请使用新的导入波束偏移作业添加波束偏移信息。在 Exposure Group Utilities 作业中，根据导入的光束偏移值自动将曝光聚类到曝光组中。

AFIS波束位移导入

新增功能

重新组合 3D 作业可以从更大的上游 3D 分类或异构优化类集快速创建一组“超类”。它使用轻量级光谱聚类算法，可以帮助识别主要的构象变异。

新增功能

“仅异构重建”作业从上游 3D 分类、异构优化或重新组合 3D 输出中重建多个类。它通过上游类后部使用加权反向投影，并可选择应用硬分类。它包括与“仅均匀重建”作业类似的重建选项（包括对称性、盒子大小等）。

新增功能

查看方向分布图现在包括一个选项，可以导出为 BILD 文件，以便在 UCSF Chimera（X） 中进行可视化。

在ChimeraX中查看BILD文件

新增功能

实验性 SSD 缓存系统，显著提高了可靠性和对网络驱动器的支持。要启用，请添加到 。有关更多详细信息，请参阅指南。export CRYOSPARC_IMPROVED_SSD_CACHE=truecryosparc_worker/config.sh

SSD 缓存

新增功能

改进了数据清理工具的行为，以简化项目和工作区的压缩：

默认情况下，所有选项均处于未选中状态。

在项目内的单个工作空间上运行清理数据工具时，该工具将不再删除链接到其他工作空间的作业;相反，这些作业将与正在清理的工作区断开链接，并将保留在其他工作区中。

被排除在清理过程之外的 CryoSPARC Live 作业被标记为“已跳过”，并且现在显示其大小。

现在，项目目录总大小与该工具可以清除的数据总大小一起显示在清理工具中，由于项目目录中可能存在导入和手动复制的文件，因此可能会有所不同。

数据清理工具

New

2D Classification implementation that reduces memory usage and provides speedups with larger datasets. The original implementation is available as a legacy job type.

New

Reconstruct 2D Classes job that reconstructs 2D class averages from previously classified particles.

New

Ability to set custom parameters within the Live session view when configuring custom Streaming 2D Classification, Ab-inito and Streaming Refinement jobs.

Data cleanup tool

New

Job cards now indicate warnings and errors, along with a text preview. If a job contains warnings or encountered an error, an icon will display in the cards and tree view. Hovering over the icon will display more information about the warning/error. A subset of the error will be visible directly on the job card view if applicable.

Warnings and errors displayed on the job card

New

Ability to copy parameter code name via the ‘Inputs and Parameters’ tab when previewing a job. This name can be used in cryosparc-tools scripts.

Copy parameter name from the job preview dialog

New

If a job exists in more than one workspace, an icon and informational tooltip will be show on the cards view. In addition, jobs that display in the tree view but are not explicitly linked to the selected workspace are marked with an icon and informational tooltip for additional context.

Linked jobs are marked with an icon on the job card

新增功能

能够通过主下拉菜单从会话视图中为实时会话加星标。

从会话菜单中为会话添加星标

新增功能

“导入粒子”包含一组新的参数，用于启用构建时输出组的生成和验证。这允许在工作流中使用导入粒子进行自动化处理。

导入粒子构建时输出组

新增功能

现在已 GPU 加速的模拟数据作业。上一个实现可作为旧版作业使用。

更新

性能基准测试系统现在从 2D 分类和 3D 分类作业中使用的核心算法中捕获基准。此外，还为 、 、 和 GPU 以及具有 FSx for Lustre 和本地 NVME SSD 的实例添加了参考 GPU 基准测试。RTX 4090A100 PCIE-40GBRTX 3090A4000AWS EC2 g5

更新

验证 （FSC） 作业现在输出一个额外的 FSC 图形，其中包含方形绘图标记和一条线，以便更清楚地看到每个分辨率壳。

新的 FSC 验证标记图

更新

3D 可变性显示现在包括一个选项，用于在每帧中使用相同数量的粒子创建中间重建。该作业现在还允许多达 100 个输入组件，而不是 20 个。

3DVA 等粒子图

更新

2D 分类现在具有设置最小对准分辨率的选项，该分辨率可在分类过程中提供高通滤光片参考，并且在某些情况下对于较小的颗粒非常有用。该作业还具有在 2D 类平均值图形上显示比例尺的选项。

更新

异构细化现在可以正确考虑参数;当存在分辨率非常低的类别时，作业卡图像显示得到改善;现在，仅当提供了非不同的初始体积时，该参数才适用;现在，该作业将输出一个卷系列，其中包含所有已生成的类。Backprojection resolution factorInitial random assignment iterations

更新

3D Classification 现在根据其 FSC 过滤共识量，并输出结果供下游使用。

更新

如果未提供锐化 B 因子，则“锐化工具”作业现在使用吉尼尔图估计 B 因子，并提供在估计之前包括掩模和 FSC 权重的选项。

更新

Downsample Particle 现在允许“取消裁剪”：当所需的框大小大于输入的粒子框大小时，粒子将在真实空间中填充，并且填充区域将填充粒子的平均值。

更新

下采样粒子现在有一个选项，可以根据粒子的位移重新居中粒子。

更新

“重新平衡 2D 类”作业现在显示 2D 类之间的成对亲和矩阵图，并且还更新了粒子的 2D 对齐方式，以便在每个超类中加入。此外，该作业现在始终输出粒子和模板的组合数据集，即使激活了“拆分输出”也是如此。

更新

可以通过 CryoSPARC v3.0 生成和操作的遗留 Web 应用程序（自 2021 年 <> 月的 CryoSPARC v<>.<> 起已弃用）不再与 CryoSPARC 捆绑在一起。cryosparcm start app_legacyBASE_PORT + 7

更新

CryoSPARC 数据库现在默认开启了日志功能，从而提高了发生故障时的耐用性。

更新

当作业处于构建状态时，设置的任何自定义参数都会在树视图中的作业卡上可见。

建筑状态中的树视图作业显示自定义参数

更新

CryoSPARC Live 会话现在通过减少预处理期间创建的绘图数量，减少了 10% 的数据库中每张显微照片的存储空间。要打开所有绘图，请启用“在 RTP Worker 中启用绘图”会话参数。

在实时会话工作器中禁用绘图的选项

更新

CryoSPARC Live Session UID 现在单调递增，独立于 Workspace UID。

实时会话 UID 单调递增

更新

现在可以从 CryoSPARC Live 的显微照片查看器下载叠加了拾取位置的显微照片图像。

更新

作业详细信息侧边栏现在显示上次导出作业的时间以及导出作业的路径，以便轻松查找导出的数据。

更新

现在可以切换“最近作业”侧边栏，以仅显示用户的作业或所有实例作业，以及显示已完成、失败和已终止的作业。

更新

在 Blob Picker 和 Filament Tracer 中，模板现在可与粒子一起用作输出。

更新

模板选取器现在具有一个参数，用于禁用模板图像的自动重新居中，已知这在某些情况下会导致问题。

更新

现在，“曝光集工具”和“粒子集工具”会在运行之前生成其输出组，从而允许这些作业成为预定义工作流程的一部分。

更新

音量工具现在可以在不应用阈值的情况下反转蒙版。

更新

“体积工具”现在指定扩张半径和填充宽度的单位以像素为单位，默认的软蒙版填充设置为 12 像素。

更新

体积对齐工具现在具有重新分配粒子的 UID 的选项，用于使用自定义对称运算符来帮助细化粒子。

更新

Homogeneous Reconstruction Only 现在将后验精度作为输出包括在内，作为体积组的一部分。

更新

DeepEMhancer 作业现在包含一个选项，用于启用 GPU 内存的动态分配，无需设置环境变量。

更新

DeepEMhancer 模型路径现在可以指定为项目级别的默认参数。

更新

Deep Picker 作业现在使用 Tensorflow v2.8 运行。

更新

现在，许多作业在事件日志中使用通用进度条。

更新

通过侧边栏对作业进行排队时，现在将自动选择最后使用的车道（如果适用）。

更新

导入作业时，路径现在将默认为所选项目的项目目录。

更新

改进了作业树视图的初始加载。

更新

作业卡上显示的摘要数据在 CryoSPARC 中得到了改进。

更新

现在，可以使用其他快速操作来快速创建常用的作业。

更新

现在，可以使用其他项目级筛选器来显示已存档或已分离的项目。

PatchCTF 现在可以正确处理高倍率显微照片，而不会抛出 .AssertionError: Get rid of patches that are too close to edges

2D 分类不再相对于 CryoSPARC 其余部分中使用的图像绘图规则倒置显示类别。

解决了在查看单个项目中的所有作业时，无法通过标题快速切换器获得所有作业的列表的问题。

解决了可以创建同名会话配置文件的 bug。

解决了删除工作区时界面不会重定向到项目级别的 bug。

解决了作业正在使用的 GPU 数量在作业卡上格式不正确的问题。

通过侧边栏对作业进行排队时，如果脚本中未定义自定义变量，则集群提交脚本变量配置面板现在将隐藏。

解决了 Firefox 上无法通过鼠标滚动条控制实时会话视图中的曝光源的问题。

解决了工作卡显示中的问题，即概述父母、子女和克隆工作的边框太细。

修复了通过多操作侧边栏面板意外删除排队作业的问题。

解决了在某些情况下，作业预览对话框中的“构建”按钮无法正常工作的问题。

解决了作业树视图中的一个问题，即作业的最终或最终祖先状态在选中后不可见。

修复了 2D 分类中的问题，即类平均值的灰度背景是根据平均值角落的值错误地计算得出的。

修复了在处理具有大量 （>10,000） 电影的实时会话时的问题。pymongo.errors.WriteError: Size must be between 0 and 16793600(16MB)

现在可以指定 in，而无需指定 。—cpuscryosparcw connect—update

现在，CryoSPARC Live 处理的曝光已计算出其平均强度。

修复了一个 bug，即如果半集的大小不相等，粒子减法不会处理所有粒子。

解决了 3D Variability 的瓦片图像在作业完成后以错误的顺序显示组件的 bug。

默认情况下，2D 分类不再错误地删除具有存在的粒子数据集的重复项。filament

修复了在构建模式下进行螺旋细化不允许修改“启用 FSC 噪声替换”参数的 bug

修复了以下 bug：翻转体积块的手（在体积工具、均匀重建、对齐 3D 和 3D 可变性显示作业中）会导致对称体积不再与传统的对称轴对齐。

修复了在提供下采样粒子作为输入时，导致 2D 分类在删除重复粒子时计算错误的粒子间距离的 bug。

修复了导致 Patch CTF 提取的 bug。UnboundLocalError

禁用的菜单项在悬停时不再错误地打开子菜单。

修复了用于打开作业对话框的空格键快捷方式由于事件处理程序冲突而停止工作的问题。

修复了“手动策划曝光”中的散点图无法正确更新显微照片的拒绝状态的问题。

在队列滑移更新打开时删除作业不再会导致其丢失上下文并变为空白。

现在，当 Select 2D 作业无法连接到后端时，它会正确报告错误消息。

安装程序不再将目录的重复条目写入 。PATHcryosparc_master/bin.bashrc

CryoSPARC Live 处理作业在绘图时不再使用超过所需数量的内存。

现在，当CryoSPARC Live监视新文件时发生的错误被隔离，因此一个会话中的错误不会影响其他正在运行的会话。

CryoSPARC Live 现在可以在具有多个单 GPU 目标的通道上运行重建过程（2D 分类、细化）。

现在，在主服务器作为工作器连接到自身的情况下，可靠性得到了提高。cryosparcm update

CTFFIND4作业不再因某些系统的本地化设置而失败。

现在，在设置参数时，前导空格和尾随空格会自动删除。

当没有从一次或多次曝光中提取任何粒子时，局部运动校正不再失败。

如果最大类别包含的粒子少于 3 个，则在噪声估计期间，100D 分类不再失败。现在，如果任何每粒子尺度因子变为 NaN，也会打印警告。

新参数现在允许以非均匀和均匀的细化方式禁用自动 GPU 处理批量大小计算，这有时会导致作业耗尽 GPU RAM。从局部细化中删除无关的批量大小参数。Disable auto batchsize

修复了在从头开始和异构细化期间密度映射的背景减法不正确的 bug。

修复了使用 3+ 个组件时 10D 可变性分析显示中的错误组件排序问题。

修复了在 3D 变异性分析作业结束时生成的变异性分量图的混淆标记问题。

CryoSPARC 的 MRC 格式体积输出现在在标题中包含 mx/my/mz 值，这修复了一些可视化程序中的显示问题。

解决了作业构建器中的数字输入在悬停时显示不准确的工具提示信息的问题。

现在，在工作区之间移动作业可以正确更新工作区统计信息。

现在，在项目中创建新工作区时，工作区计数统计信息会正确递增。

修复了以下问题：锁定到另一个实例的项目中的锁定文件将被覆盖，而不是阻止另一个实例中的项目附件。

“仅均匀重建”作业现在正确允许关闭粒子上的真实空间窗口。

CryoSPARC v4.3.1 版本

31月 2023， <>

此版本包含各种稳定性改进：

修复了在某些情况下，重新启动实例后，CryoSPARC 主进程的内存使用量可能会无限制地增长的问题。

磁盘上作业目录的大小不再更新超过必要的频率。

现在，当实例重新启动时，CryoSPARC Live 会话将自动暂停。

修复了在 CryoSPARC Live 会话仍在运行时项目可能被分离的问题。

CryoSPARC Live在不需要时不再监控工人的工作。

CryoSPARC v4.3.0+230816

16月 2023， <>

这是一个补丁版本。了解如何将补丁应用于您的实例→

防止 CryoSPARC 成功更新后的“语法错误”

CryoSPARC v4.3

9月 2023， <>

我们很高兴地宣布 CryoSPARC 的又一个版本！版本 4.3 包括用于数据管理的新工具、性能基准测试实用程序、交互式作业的改进、许多功能更新、性能优化和各种稳定性增强。

新增功能

数据清理工具

一套新的工具，用于简化 CryoSPARC 中跟踪和减少磁盘空间使用的过程。支持五种清理项目或工作区的方法：

将某些作业标记为最终作业，并自动清除除复制这些结果所需的作业之外的所有内容

紧凑的CryoSPARC Live 会话，删除预处理数据，但存储稍后恢复会话所需的颗粒位置和参数

重新堆叠粒子以删除过滤掉的垃圾粒子，然后自动清除确定性预处理作业，如果需要，这些作业可以在以后重新运行

清除项目或工作区中迭代作业的中间结果

清除占用磁盘空间但无法进一步使用的已终止和失败的作业

具有全面的清理数据用户界面、按需刷新项目和作业大小统计信息、项目详细信息侧边栏中的数据使用摘要，以及用于手动选择作业的祖先和后代的新右键菜单选项。有关详细信息，请参阅数据清理指南。

数据清理工具

New

Performance Benchmarking Utilities

A new system for measuring and comparing key aspects of CryoSPARC performance across CPU, File system, and GPU operations. The benchmarking jobs break down critical elements of CryoSPARC high performance code paths and measure detailed timings to shed light on which parts of a system may be bottlenecking performance.

A new performance benchmark user interface allowing for visual comparison of different benchmark runs as well as reference benchmarks published along with CryoSPARC. The interface can display detailed timings from benchmarking jobs or job runtimes from full runs of the Extensive Validation (previously called Extensive Workflow) test set.

Performance Benchmark Interface

New

Particle caching in CryoSPARC jobs now support multiple threads (default 2), increasing copy speed on certain filesystems. To modify, specify in . Read the guide for more information.CRYOSPARC_CACHE_NUM_THREADScryosparc_worker/config.sh

Multithreaded caching

New

Interactive Job Improvements

New plots, displays, and interactive tools across all interactive jobs, including a new exposure image grid view in the Exposure Curation job for ease of assessing and manually curating exposures, and the ability to set threshold parameters when starting the job to bypass interaction and automatically filter data.

Several usability enhancements, including:

Extraction is now optional in the manual picker

Datasets without pick statistics can be used in Inspect Picks

Charts in Exposure Curation remember their expand/collapse state when reloaded

Exposure Curation now displays particle picks if available

Optimized micrograph image loading for faster response times

Exposure curation card grid

New

Extensive Validation (previously called Extensive Workflow) job extended to support multiple datasets and also has a new “Benchmark” mode where timing results are reported and browsable using the new Performance Benchmarking system.

Extensive Validation benchmarking mode

New

The command can reduce the amount of disk space used by the MongoDB database. This, along with other steps, may be useful for reducing used storage space in instances with large database sizes. See the Guide: Reduce Database Size for more details. cryosparcm compact

Update

Interactive job improvements:

Flipped Select 2D resolution threshold selection option for clarity

Added total picks across all exposures as info badge in Manual Picker top bar

Added filter to Select 2D job to allow showing of only selected or unselected classes (sorting options can be applied to filtered classes)

Added info badge to Inspect Picks job to display the total number of particles within the applied thresholds

Manual Picker and Inspect Picks jobs now display all available data fields in the micrograph table

Added an exposure image preview when hovering exposure table rows in interactive jobs

Individual tab has been renamed to diagnostics in Exposure Curation job for clarity of function

Thresholds of 0 now filter micrographs correctly in Exposure Curation job

Support added for right clicking to remove picks in Manual Picker job

Update

Non-uniform Refinement implementation speedups up to 15% on certain GPUs and box sizes.

Update

Import Particles job is now 50-70% faster.

Update

Improved speed of the caching system by reducing the number of file lookups, and improved logging of the cache system while a job is running.

Update

CTFFIND4 is updated to v4.1.14.

Update

Import and utility jobs that previously ran only on the master node can now optionally be launched on any worker node or cluster lane. The environment variable is no longer used. CRYOSPARC_DISABLE_IMPORT_ON_MASTER

Update

Added star button to top navigation bar in browse system to allow starring a workspace from the jobs page.

Update

Quick access panel will now remember selections on a user basis rather than a browser tab basis.

Update

The load all jobs view option is now saved per-user rather than based on the browser.

Update

Event log view options have been moved into a new view options menu to minimize interface clutter.

Update

Sessions can now be marked as completed from the session browser view.

Update

Archived and detached projects no longer show within the session browser.

Update

An Additional spotlight action added to navigate to the job history page.

Update

The ‘view job’ button in the sidebar can be / clicked to open in a new tab ctrlcmd

Update

For job types that take random seed parameters, the random seed that was used is now saved in the input parameters of the job for easy reuse. The random seed will stay consistent if the job is cleared and re-run.

Update

2D Classification, 3D Classification, and 3D Variability Analysis jobs will now produce intermediate results at each iteration, but will delete intermediate results from previous iterations as each new iteration completes. This behaviour can be turned off with a project-level or job-level parameter that will keep all intermediate results.

Project-level defaults for generating intermediate results

Update

Jobs that fail to report heartbeat to the master node within the required timeout but continue running in the background will now be killed on their worker node, rather than being allowed to continue running after having been marked as failed due to missing heartbeat.

Update

Worker installation job launch test () timeout increased to 2 minutes from 10 seconds. cryosparcm test workers

Update

The file with environment variables will now be included in the bundle of logs. config.shcryosparcm snaplogs

Update

CryoSPARC running version is now available in the Job PDF download.

Update

MongoDB database journaling can be enabled by adding to . export CRYOSPARC_MONGO_EXTRA_FLAGS=” ”cryosparc_master/config.sh

Fixed

Topaz Extract job no longer extracts particles from denoised micrographs by default.

Fixed

3DFlex Generate job no longer ignores the Number of Frames parameter.

Fixed

Fixed unnecessary in Flex Mesh Prep job when pixel size between input mask and volume match but have rounding error difference AssertionError

Fixed

Heterogenous Refinement job no longer fails with when “Refinement box size (Voxels)” parameter passed as a value. AttributeErrorNone

Fixed

Worker installation test () no longer fails when worker target does not have SSD configured. cryosparcm test workers

Fixed

CryoSPARC Live Session compute configuration parameters no longer fails to be changed if a worker lane that was previously selected is removed from the CryoSPARC instance.

Fixed

Fixed select confirmation appearance in Edge browser on Windows.

Fixed

Fixed bug where Job PDF would show incorrect parameter values in some cases.

Fixed

Fixed issue where PDF event log download was crashing due to control characters being interpreted incorrectly during text cleaning.

Fixed

Corrected sorting order of the job event log PDF.

Fixed

Added optimistic job count update to stop the user interface loading state from glitching when deleting a workspace job when few exist.

Fixed

Resolved error where Import Result Group fails to import Topaz jobs correctly, causing downstream jobs to fail.

Fixed

Resolved error where Import 3D Volumes job fails with “Unable to connect to EMDB server” when trying to load volumes from EMBD.

Fixed

Allow retrieving job and workspace documents from the CLI without errors.

Fixed

Improved handling of missing job parent in tree view.

Fixed

Live no longer stops finding new exposures until the next restart.

CryoSPARC v4.2.1+230427

April 27, 2023

This is a patch release. Learn how to apply patches to your instance →

Fixed

Correct free SSD cache storage calculation to prevent infinite cache hang when there is enough available SSD storage

CryoSPARC v4.2.1+230403

April 3, 2023

This is a patch release. Learn how to apply patches to your instance →

Fixed

Correct retrieval of legacy cluster configurations

Fixed

Live no longer stops finding new exposures

Fixed

SSD Cache system correctly retries up to 3 times on network timeout

CryoSPARC v4.2.1

March 15, 2023

We are excited to announce the stable release of CryoSPARC v4! This release contains various updates and performance improvements:

New

A project-level parameter now controls whether or not jobs output intermediate results, with default on. Turning this off will save disk space, without having to manually clear intermediate results after the jobs complete.

Update

In Particle Sets Tool and Exposure Sets Tool jobs, add note in event log indicating that result groups are taken from set for the dataset. Aintersect

Update

In Average Power Spectra job, print particle pixel size and power spectra sample spacing to the event log.

Fixed

Manual Picker no longer fails when micrograph CTF input is not provided.

Fixed

Resolved an issue where loading external data for the homepage modules would fail if a non-standard response was received.

Fixed

Prevented a database error from occurring when no recent items existed for a user.

Fixed

Fixed issue where copying to the clipboard would not work in some cases depending on how CryoSPARC was hosted over an internal network.

Fixed

Priority field in the job queuing slide-over is now required and cannot be empty.

解决了在创建新项目后仍选择以前选择的实体的问题。

解决了清除作业不会重置其队列优先级的问题。

解决了已删除的已完成作业显示在项目、工作区和会话卡中的问题。

在 3D 分类中，当启用“每次 F-EM 迭代后输出结果”时，使用 CTF 字段进行修复。KeyError

修复了在 3D 分类中重新排序类和输出中间结果发生冲突并导致作业失败的问题。这些选项现在是互斥的。

CryoSPARC v4.2.0+230302

2月 2023， <>

这是一个补丁版本。了解如何将补丁应用于您的实例→

更新

在“全局 CTF 细化”中，如果球差细化为非正值，则抛出警告。

更新

在 3D 分类中，添加“强制重做 FSC 分割”参数，强制从头开始将粒子重新分割成半集分割。禁用此功能可以保留输入分割，以及来自先前螺旋细化、对称扩展或局部细化的粒子。

修复了 2D 分类中的一个问题，即如果使用多个 GPU，许多类别将是空白的或非常微弱的。

修复了使用同一 SSD 缓存空间运行多个作业时的问题。

修复了由于列表索引超出范围错误导致的 3DFSC 崩溃的问题。

在 3D 分类中，删除了数据集输出中导致 csparc2star.py 将所有粒子分配给单个类的无关条目。alignments3Dparticles_all_classes

CryoSPARC v4.2

27月 2023， <>

我们很高兴地宣布 CryoSPARC 的另一个版本，其中包含新功能、性能优化和各种稳定性增强：

新增功能

CryoSPARC 现在完全支持 CUDA 11.8，支持 NVIDIA Hopper 和 NVIDIA Ada Lovelace GPU（NVIDIA H100、NVIDIA RTX 40 系列），包括 3DFlex。

新增功能

浏览系统已更新，进行了各种增量改进，包括表标题排序、可自定义的视图选项和升级的 CSV 下载功能。

可以从浏览系统控制栏访问视图选项菜单，允许显示或隐藏卡片和表格详细信息以满足用户的偏好。

可以在列表中拖放视图选项菜单表部分项，以重新排序表视图列。

CSV 下载功能现在包括一个附加对话框，允许用户选择要包含或排除的信息，并能够对表列重新排序。

查看选项允许您自定义显示的信息

选择要包含在 CSV 下载中的字段

新增功能

在作业的详细信息侧边栏中，您可以单击特定的克隆作业、父作业或子作业以在当前选项卡中查看它。按住 Command/ctrl 键单击它以在新选项卡中打开该作业。

在侧边栏详细信息面板中，查看父级、子级或克隆的作业并与之交互

新增功能

在作业预览对话框的“元数据”选项卡中，有一个按钮可以将作业的 JSON 数据下载到剪贴板。

从作业预览对话框将作业的元数据复制到剪贴板

New

Added a quick action to perform CTF Estimation via CTTFIND4 from a Patch Motion Correction job.

Update

Introduced a workaround for a bug in CUDA 11.8 which formerly caused jobs relying on CUDA Fourier transforms (cuFFT) to run slower than they should (sometimes dramatically so).

Update

When importing movies and micrographs, the ‘Skip header check’ parameter is now enabled by default.

Update

Performance and stability improvements to all interactive job tables and the browse table in Live sessions.

Update

Improvements to the context menu for job cards within the current jobs dialog.

Update

Optimized current jobs tab within manage dialog and added a running timer for each job.

Fixed

Fixed bug in 3D Classification that caused csparc2star.py to produce erroneous star files if class reordering was turned on.

Fixed

If a job is running on a cluster, the available memory usage statistic is no longer displayed within the event log.

Fixed

If specified, the cropped box size is correctly displayed on the card of a Volume Tools job.

Fixed

Resolved cases where the outputs view mode toggle was triggered while attempting to perform a browser or operating system keyboard shortcut.

Fixed

Removed variables , , and from appearing as custom variables in a cluster configuration.ram_gbnum_cpunum_gpu

The above variables are internal variables set by CryoSPARC and cannot be used/modified as custom variables

Updated guide with a list of internal cluster variables and instructions for modifying resources requested in a cluster submission script

Fixed

Fixed reading of gain reference files in CryoSPARC Live. .mrc.bz2

修复了某些操作系统在安装过程中构建失败的问题。pycuda

修复了作业心跳失败期间的错误消息，以正确指定心跳超时。

修复了某些长时间运行的作业期间的“错误生成计数器”错误。

对实时会话中的音量查看器和作业预览对话框中的性能进行了优化。

修复了 2D 分类，如果类设置为 20 或更少，则允许手动覆盖以强制最大姿势/偏移参数。

删除了粒子提取中的参数“整体归一化器（覆盖）”。该参数不起作用。

解决了清理项目的中间结果触发多个通知的问题。

解决了在不选择卡片的情况下查看作业会选择并将其到边栏的问题。

解决了在某些情况下，当交互式作业排队或处于活动状态时，管理对话框中的“当前作业”选项卡会导致应用程序崩溃的问题。

解决了无法在实时会话中为曝光的“时间戳”属性定义阈值的 bug。

解决了在构建 Topaz 或 DeepEMhancer 作业时导致“路径无效”错误的问题。

CryoSPARC v4.1.2 版本

23月 2023， <>

此版本包含各种功能、更新和稳定性改进：

新增功能

添加了一个新的 Restack Particle 作业，用于合并粒子文件。有关详细信息，请参阅指南。

新增功能

新的 3D 分类参数

添加了一个选项（默认：打开），用于在处理结束时按粒子数量重新排序类别

添加了最大 F-EM 迭代数，即使不满足收敛标准，也会终止分类

新增功能

除了使用的 CPU 内存外，现在还可以在作业事件日志中显示可用的 CPU 内存。它还显示在作业日志 PDF 中。

新增功能

添加了按项目大小排序的选项。

新增功能

添加了一个新的项目级操作，用于从 CryoSPARC 数据库中删除分离的项目。有关详细信息，请参阅更新的数据管理指南。

新增功能

CryoSPARC Live 中的曝光预览上下文菜单现在具有一个按钮，用于拒绝/取消拒绝曝光。

更新

已将其他时间戳信息添加到作业输出日志中。

更新

作业预览对话框、项目和工作区痕迹导航已更新为本机浏览器链接，以允许在新窗口或选项卡中打开它们。

更新

具有相应键盘快捷键的按钮现在将在其工具提示中显示该快捷键。

更新

树视图现在支持使用 shift 键切换所有作业卡上的输出视图。

更新

多选上下文菜单改进

现在，即使选择了多个作业，作业卡操作菜单触发按钮也将始终显示该作业的特定操作菜单

在未包含在多选的作业卡上打开操作菜单，将显示该作业的特定操作菜单，而不是多选操作菜单

现在，可以通过右键单击工作区背景来打开多选操作菜单，而不仅仅是选择中的作业

在 3D 分类中，如果（仅）提供聚焦掩模，请确保从共识体积生成溶剂掩模。

修复了与绘图相关的 3D 分类中的内存泄漏。应用修复后，峰值内存使用量应显著减少，具有大量 （50+） 个类的作业将获得最大收益（最多减少 75%）。

修复了在 3D 分类中进行类 ESS 调整期间需要过多 GPU 内存的不正确的批大小。

在导入动画期间读取 TIFF 文件时出错可能会导致异常终止。

在某些情况下，事件日志会在永久加载状态下闪烁和跳跃。

在某些情况下，职位描述会在编辑时自动关闭。

在输出结果组为空的作业上清除中间结果将导致错误。

从此版本导出的作业现在可以正确导入到旧版本的 CryoSPARC 中。

添加了防止在 Extract From Micrographs （CPU） 中创建冗余输出的防护措施。

CryoSPARC v4.1.1+230110

10月 2023， <>

这是一个补丁版本。了解如何将补丁应用于您的实例→

更新

改进了更新后的数据库启动可靠性。

防止某些处理大量显微照片或颗粒的工作出现错误生成数据集错误。

防止 Extract From Micrographs （GPU） 作业使用过多的 GPU 内存，从而导致 或 的曝光失败。cufftAllocFailedcufftInternalError

CryoSPARC v4.1.1 版本

20月 2022， <>

此版本包含各种稳定性改进：

修复了影响 3DFlex 作业 （） 依赖项安装中某些操作系统的 bug，该 bug 在 PyCUDA 构建期间导致编译错误。cryosparcw install-3dflexgcc

修复了在使用可变性组件子集时导致 3DVA 显示失败的 bug。

修复了一个 bug，该 bug 导致具有 GPU 要求的重新启动作业覆盖调度程序并跳转到指定通道上队列的前面。

CryoSPARC v4.1

12月 2022， <>

我们很高兴地宣布 CryoSPARC 的另一个版本，其中包含新功能、性能优化和各种稳定性增强：

新增功能

3D 灵活细化 （3DFlex） （BETA） 是一种基于运动的深度生成模型，用于连续异构性。它可以模拟蛋白质分子在其构象景观中的非刚性运动和柔韧性，并可以使用运动模型将来自不同构象的颗粒图像的信号结合起来，以提高柔性区域的精细化分辨率。

3DFlex 共同学习粒子的单一规范 3D 密度图、每个粒子图像的潜在坐标以及流动生成器网络。给定一个潜在位置，流量发生器输出一个 3D 变形场，将规范密度映射到特定构象

3DFlex 需要调整一些参数，并且可以选择性地接受自定义输入，定义目标分子的几何形状和拓扑结构

阅读深入指南，包括使用 3DFlex 的新示例结果

观看演示视频，了解如何在 CryoSPARC 中使用新算法

阅读 2021 年 <> 月的 bioRxiv 预印本。更新的论文将很快提供。

3DFlex的

新增功能

cryosparc-tools（BETA）是一个开源Python库，支持对CryoSPARC进行强大的脚本访问。

以编程方式读取和写入曝光、颗粒和体积数据

轻松对元数据（对齐、CTF 等）执行高级操作，并以编程方式将修改后的数据插入回 CryoSPARC

访问项目、工作区和作业数据

构建和运行作业以编排自定义冷冻电子显微镜工作流程

使用第三方软件包扩展 CryoSPARC 功能

cryosparc-tools位于GitHub上，可通过CryoSPARC环境之外的程序和工具使用。pip

阅读完整文档，包括示例用法

CryoSPARC 工具架构图

新增功能

多选操作允许一次克隆多个作业、在两个选择之间克隆作业链、一次排队、清除或删除多个作业等。在此处了解有关多重操作的更多信息。

CryoSPARC 多选操作菜单

新增功能

“重新启动作业”操作允许从可终止或可清除状态重新启动作业。此新操作将终止、清除作业，并将作业排队到具有最初运行作业时使用的相同参数的同一通道。

CryoSPARC 重新启动作业操作

新增功能

能够直接通过管理面板中的“集群配置”选项卡配置自定义变量以在集群提交脚本中使用。自定义变量可以在实例级别、目标级别和作业级别进行配置。有关更多详细信息，请参阅指南：为集群作业提交脚本配置自定义变量。

CryoSPARC 集群配置面板

新增功能

管理员能够使用管理员面板上的“通道限制”选项卡限制用户在特定通道上查看和运行作业。有关详细信息，请参阅指南：车道分配和限制。默认情况下，当创建 CryoSPARC 用户时，会为他们分配所有现有通道。

CryoSPARC 用户通道限制面板

更新

对 Job： 3D Classification 进行了多项更新。有关详细信息，请参阅作业指南和更新的教程：3D 分类。

现在，每个颗粒的尺度优化已内置于作业中

新的“类别流矩阵”图有助于可视化 F-EM 迭代中的类别变化

新的“Δ”文本列列出了 F-EM 迭代之间的类大小差异

更新了类流程图的美感，以提高边缘的清晰度

初始化不再需要唯一卷

CryoSPARC 3D 分类流矩阵

更新

“作业：移除重复粒子”现在允许根据 2D 和 3D 对准误差以及 NCC 分数进行重复剔除。

更新

作业：对称扩展现在包含一个参数，该参数允许通过应用的对称运算符分割输出粒子堆栈。

更新

作业：体积对齐工具现在允许对输入体积、粒子和蒙版应用任意旋转。

更新

作业：选择 2D 类现在导出仅包含选定类的 .mrc 堆栈，以及仅包含被拒绝类的 .mrc 堆栈。

更新

作业：现在，2D 分类默认会根据拾取位置之间的最小间隔距离在分类后删除重复的颗粒。

更新

执行二进制类重新居中的 2D 分类作业现在显示从指定阈值生成的所使用的二进制掩码。

更新

新的项目级选项，用于设置 DeepEMhancer 可执行文件的默认路径。如果设置，所有新的 DeepEMhancer 作业将自动填充项目级路径。

更新

作业：导入粒子堆栈现在在导入时会复制到 CryoSPARC 的中（如果可用）。rlnAutopickFigureOfMeritpick_stats/ncc_score

更新

作业：全局 CTF 细化现在允许在拟合之前将球差初始化为自定义值。

更新

通过将环境变量设置为true，能够防止CryoSPARC请求外部资源，外部HTTPS资源用于在主页上显示信息模块。详细信息。CRYOSPARC_DISABLE_EXTERNAL_REQUESTS

更新

CryoSPARC 更新程序 （） 具有多项增强功能，包括：cryosparcm update

能够仅下载主更新包和工作服务器更新包，而不执行完整更新。在这里阅读更多内容

能够跳过下载主更新包和辅助角色更新包，并使用以前下载的包进行更新。在这里阅读更多内容

CryoSPARC 实例仅在确认主服务器和工作服务器更新包已下载且有效后才会关闭，从而减少更新期间的停机时间

现在，更新过程的输出日志已写入 ，并且可以随时使用 读取。cryosparc_master/run/update.logcryosparcm log update

更新

具有环境变量的实例能够将作业排队到主节点。CRYOSPARC_DISABLE_IMPORT_ON_MASTER

更新

CLI 函数的签名已更改。有关更多信息，请参阅 CryoSPARC 指南上的 cryosparcm cli 参考页面。delete_projectdelete_workspace

更新

现在，可以使用项目侧边栏详细信息部分中“目录”字段旁边的编辑按钮来重命名项目目录。

更新

作业：将粒子重新分配给显微照片 现在，如果插槽和 or 插槽连接，则将曝光组数据从显微照片复制到颗粒。particles.ctfexposure.ctfexposure.mscope_params

更新

作业：导入电影信息标签现在显示每次曝光的大小和帧数。

更新

在扁平化视图中查看作业（例如，项目中的所有作业）时，克隆作业操作子菜单现在将所有工作区作为克隆到的选项提供。

更新

将某些命令限制为所有者 UNIX 帐户，包括 、 和 。cryosparcmcreateuserupdateuserresetpasswordpatch

更新

在导入作业期间关闭打开的文件句柄。

更新

用户 ID 现在在 的输出中可见cryosparcm listusers

更新

job_type变量现在已添加到 CryoSPARC 提供的可用集群提交脚本变量中。此值可用于跟踪在集群通道上运行的 CryoSPARC 作业类型，或用于确定集群脚本的资源要求。

更新

qstat_cmd_tpl并且将有权访问注入的相同变量，包括任何用户配置的自定义变量。qdel_cmd_tplsend_cmd_tpl

更新

主缓存功能的附加日志记录。

更新

交互式作业现在可以在作业对话框的交互式面板顶部的可滚动、可清除的日志中打印出更多信息丰富的错误。

解决了在比较对话框中查看作业的所有参数时，显示不正确的自定义参数值的问题。

通过快速操作创建的作业不再在与当前所选工作区或会话不同的工作区或会话中创建。

当设置为 0 时，CryoSPARC Live 中的 NCC 分数滑块不再丢失所有选择。

修复了在创建直方图期间由于异常值而导致的手动策划曝光中的 ValueError。

修复了 Job： Gctf （Wrapper） 中导致本地 CTF 优化失败的 bug。

修复了作业中的错误：当组件数设置为 3 时，1D 变异性分析会阻止作业完成。

作业对话框的“输出”选项卡现在可以正确显示低级别结果的名称。

修复了一个 bug，该 bug 阻止在选择作业时在侧边栏详细信息面板中显示作业的每个输出组的正确下载链接。

修复了一个 bug，该 bug 阻止通过表视图中的复选框选择多个实体。

在 Safari 中，滚动条不再显示在菜单和对话框的顶部。

主机名不再在实例管理卡上显示两次。

现在，在选择选项后，侧边栏操作面板会自动折叠。

修复了加载时“未找到”消息在侧边栏中闪烁的问题。

修复了导致事件日志中某些 PNG 图形裁剪不正确的 bug。

修复了作业中的错误：在禁用“应用 CTF”时，模拟导致粒子的 CTF 参数不正确的数据。

作业：模拟数据不再需要 SSD 缓存

Job： Global CTF Refinement 中的残差图现在可以正确考虑 2π 的相位模糊性。

修复了在“检查粒子拾取”中，由于显微照片不包含粒子拾取而导致的问题。KeyError

修复了 Job 中的错误：仅在强制执行螺旋对称和自定义盒子大小的情况下进行均匀重建。

修复了 CryoSPARC Live 中导致失败的曝光被重复计为排队曝光的 bug。

修复了通过 CLI 检索 CryoSPARC Live 会话失败的问题。

修复了在配置数据库（例如，更新 CryoSPARC）时数据库命令响应时间慢会导致问题的问题。

Extensive Workflow 现在在具有 32GB RAM 的工作线程上运行。

现在，如果 Python 依赖项安装失败，则会取消安装和更新。

防止在多次断开连接和重新连接后作业检测信号失败。

修复了在调用作业时引发 3D 可变性显示的 bug。JSONDecodeErrorcryosparcm eventlog

修复了导致 和日志无法正确旋转的 bug。command_corecommand_rtpcommand_vis

运动校正和提取作业的事件日志现在从一开始计算电影/显微照片，而不是从零开始（例如，“完成 20/20”而不是“完成 19/20”）。

修复了 Patch CTF（包括 CryoSPARC Live）报告的冰厚度为 的错误。NaN

防止文件读取操作在错误查找的系统上失败

修复了导致在查看实时会话时提取的粒子计数不显示在详细信息面板上的 bug

CryoSPARC v4.0.3 版本

十一月3 2022

此版本包含各种稳定性改进：

防止在 Web 应用程序无法加载外部资源的情况下，在查看主页时界面变得无响应。

修复了更改日志网格样式导致 Safari 上的项目重叠的问题。

防止了可用的 CryoSPARC 更新无法在主页和导航栏上显示的问题。

CryoSPARC v4.0.2 版本

24月 2022， <>

此版本包含性能优化、各种稳定性增强以及 PATCH 221017 的所有更改：

新增功能

在工作区中查看作业时，可以选择一次加载所有作业，而不是在向下滚动页面时逐步加载。

切换以查看工作区中的所有作业（禁用增量加载）。

新增功能

新的项目级选项，用于设置 Topaz 可执行文件的默认路径。如果设置，所有新的 Topaz 作业将自动填充指定的项目级路径。

为项目中创建的所有新作业设置 Topaz 可执行文件的路径。

新增功能

能够使用聚光灯根据所选的项目或工作区搜索适用的工作。

更新

在 Job： Exposure Group Utilities 中，当指定正则表达式将曝光或粒子拆分为曝光组时，所有不匹配的项目现在将一起分组到一个单独的曝光组中。

更新

添加了和选项—offline—skip_workerscryosparcm errorreport

—offline跳过数据库统计信息和工作实例信息的检索（用于 CryoSPARC 实例未运行时使用）

—skip_workers跳过工作线程实例信息的检索（用于在连接到工作线程节点时出现问题时使用）

更新

现在，从侧边栏排队作业时，会预先选择第一个适用的通道。

更新

systemd现在简化了设置，并在过程启动期间正确启用 CryoSPARC 环境。在此处阅读指南。systemd

解决了设置特定阈值范围的 Curate Exposures 作业中接受和拒绝的暴露（以及包含和排除的阈值）的显示值之间的不一致问题，现在在所有情况下都与作业输出匹配。

v4+ 中的 Inspect Picks 现在根据功率分数的绝对值而不是百分位数来拒绝异常粒子（与 v3.3 的行为匹配）。

当某些影片的粒子为零或某些影片损坏时，“局部运动”校正不再失败。

现在，单个通道内的多个目标将正确显示在管理对话框的实例部分中。

现在，在调整侧边栏和调整窗口大小时，音量查看器将正确调整为可用空间的大小。

现在，单击作业表视图上的复选框将正确地加法选择它们。

如果 pdf 字体集中不包含 ASCII 字符，则事件日志下载将不再中断。

用户现在可以使用域不包含的电子邮件登录.

从 Firefox 的输出操作菜单下载文件时，页面将不再自动刷新。

在Firefox中查看音量时，在阈值控制数字输入字段中选择向上/向下箭头将以与其他浏览器相同的方式保持焦点。

如果会话在标记为已完成后启动，则防止实时会话视图崩溃。

在“手动选取器”作业中对显微照片进行拾取时，拾取列将在相应的表行中正确更新。

附加项目时，工作区不再具有不正确的“创建者”字段，而是显示附加项目的用户。

现在，从命令行创建项目时，项目标题是必填字段。

当某些优化作业中的非最终结果被用于下游时，“清除中间结果”（Clear Intermediate Results） 不再删除这些结果。

改进了 Topaz Train、Extract 和 Cross Validation 作业中的错误消息和错误检查。

现在，Topaz Denoise 作业可以在没有 GPU 的情况下运行时正确分配 CPU 资源。

如果仅将集群连接到实例，则安装测试 （） 将不再失败。cryosparcm test install

启动以前标记为“已完成”的实时会话不再错误地暂停会话两次。

队列对话框现在可以正确应用已设置的标题和说明。

队列对话框现在有一个工具提示，用于阐明切换开关，以根据作业资源要求显示或隐藏具有适用目标的通道。

对于无限或 NaN CTF 参数，“手动策划曝光”作业不再失败，而是输出警告。

从头开始的作业在有许多类时不再中断作业卡的显示。

如果曝光不包含足够的颗粒拾取位置，则在 CTF 校准期间，“检查拾取”作业将不再失败。

当每次交互处的输出诊断图设置为 False 时，3D 分类不再失败。

使用 cryosparcm 集群连接时，最终连接的集群配置将打印为命令的输出（返回到 v3.3 行为）。

现在，“策展曝光”作业中阈值滑块和输入控件的范围值将在所有情况下将显示值四舍五入到预期的精度。

重新加载浏览器快捷方式将不再手动拒绝 Curate Exposures 作业中的选定曝光。

现在，“策划曝光”作业中的表格索引单元格在设置阈值或手动拒绝/取消拒绝时可以正确更新其颜色。

文件名和其他非数字值现在将在所有交互式作业的悬停预览弹出窗口中正确显示。

现在，“策展曝光”作业中的输入字段可以使用箭头键递增，而无需更改显微照片表中选定的曝光。

CryoSPARC v4.0.1+221017

17月 2022， <>

这是一个补丁版本。了解如何将补丁应用于您的实例→

更新

对于具有许多输出组的作业（例如，具有 10+ 个类别的 3D 分类），作业完成过程（检查和直通输出）的速度提高了 20 倍以上。此外，还可以加快作业的“标记为已完成”操作。

更新

添加了在使用cryosparcm cli “take_over_projects()“

CryoSPARC 环境不再用于加载，解决了在某些操作系统（例如 CentOS 7）上找不到 （ 和 ） 依赖项的问题。LD_PRELOADlibtifflibtifflibLerclibstdc++

CryoSPARC v4.0.1 版本

6月 2022， <>

此版本包含性能优化和各种稳定性增强：

更新

作业：DeepEMhancer （Wrapper） 现在接受 DeepEMhancer 的二进制掩码归一化模式的掩码输入。

更新

作业：如果输入显微照片中不存在所有输入粒子，则现在会输出警告。

更新

Tensorflow 测试现在在 期间默认处于禁用状态。要启用，请指定 。在此处阅读完整的安装测试指南。cryosparcm test workers—test-tensorflow

更新

现在，默认情况下，管理面板中的实例选项卡会加载主系统日志。

更新

cryosparcm errorreport现在，将整个 、 和 日志文件添加到生成的存档中。appapp_apiapp_legacy

更新

更新了多选的 Windows 快捷方式，以使用密钥而不是密钥。ctrlmeta

更新

更新了请求 License-ID 标头检查“身份验证失败”消息，并提供可操作的建议。command_core

删除了主节点在运行时进行的可执行路径验证检查。cryosparcwcryosparcm cluster connect

修复了正在运行的作业可能被标记为已完成的问题。

防止当系统库版本与嵌入式 CryoSPARC 库不匹配时 SSH 和其他命令失败。

项目数据管理表格现在显示与用户共享的项目。

在创建或修改作业时，树视图不再重置其缩放级别。

解决了作业构建器中将鼠标悬停在输入框上时滚动被锁定的问题。

现在，具有许多标签的项目可以在侧边栏详细信息面板和卡片上正确显示。

浏览视图不再自动滚动到新创建的作业。

解决了作业卡未正确显示图像和信息标签的问题。

允许从“通知”面板中清除长时间运行的通知。

修复了错误。cryosparcm fixdbport

CryoSPARC v4.0.0 版本

3月 2022， <>

我们很高兴地宣布 CryoSPARC 的另一个版本，其中包含新功能、性能优化和各种稳定性增强：

CryoSPARC v4.0 is a major upgrade. Please follow our Guide: Updating to CryoSPARC v4.0.

New

All-new CryoSPARC interface designed for performance and productivity. Watch a video walkthrough of all the new features and read the comprehensive new guide.

Redesigned interactive jobs (Inspect Picks, Exposure Curation, etc.) with significantly improved functionality and scalability. Easily handle large datasets (25K+ exposures)

CryoSPARC interactive jobs tableau

Integrated in-app 3D volume viewer to inspect volume outputs from all job types

CryoSPARC integrated 3D volume viewer

System for browsing and filtering projects, workspaces, sessions and jobs

CryoSPARC browse system navigation and filters

Tagging system to easily organize and record details about projects and jobs

Filtering CryoSPARC projects by the EMPIAR tag

Multi-job selection and a new job comparison view

Comparing projects in CryoSPARC

Table view for projects, workspaces, sessions and jobs with CSV download support

CryoSPARC browse system table view

Two new ways to build jobs in addition to the drag-and-drop Job Builder:

Quick actions: right click a job and run common next steps (e.g., Blob Picker → Inspect Picks)

Job creation quick actions in CryoSPARC

Job cart: select outputs directly from completed job cards to generate a filtered list of applicable jobs. Create and connect in a single click

CryoSPARC job cart

Download a PDF report of each job including key stats and the event log

CryoSPARC job event log PDF

Downloading CryoSPARC job event log

And much more! Be sure to watch the video and read the guide

New

CryoSPARC Live is now integrated as part of the CryoSPARC interface. Seamlessly transition from the primary interface into a Live session within the same browser tab: How to Access CryoSPARC Live.

New

Improved algorithm and diagnostics in 3D Classification (BETA).

New tutorial covering multiple datasets and use cases

类 3D 教程 E10261 navchan gif

基于 FSC 的正则化，可提高类质量和多样性

两个新的收敛标准（类别切换、密度变化）

独立的溶剂和对焦掩模输入

硬分类选项

更好地调整和重构了默认参数

更新的诊断信息，包括：

“流”类

Class 3D流程图

对焦蒙版叠加

类 3D 对焦蒙版叠加

与共识的差异

Class 3D 与共识的差异

新增功能

DeepEMhancer的包装器，一种深度学习模型，用于自动屏蔽和锐化后处理。

新增功能

“平均功率谱”作业，用于对齐的 2D 分类粒子的功率谱进行平均，用于螺旋对称性探索。

NLRP2-CARD 灯丝 （EMPIAR-1） 的 10564D 类别的平均功率谱示例

NLRP2-CARD 灯丝 （EMPIAR-1） 的 10564D 类别的平均功率谱示例

新增功能

使用 和 验证 CryoSPARC 安装的完整性。阅读指南：使用低温速冻剂测试进行安装测试。cryosparcm test installcryosparcm test workers

新增功能

“维护模式”设置，可以打开/关闭以防止排队的作业运行，同时允许正在运行的作业完成。

CryoSPARC维护模式免责声明

新增功能

管理员可配置的登录消息和实例横幅，用于向用户显示通知。

CryoSPARC 每日消息

CryoSPARC 登录消息

新增功能

完善项目数据管理系统，简化移交、归档等常见项目任务。

新的 v4.0 综合数据管理指南

新项目“附加”和“分离”操作，可在 CryoSPARC 实例之间轻松移动项目

在 CryoSPARC 中附加项目

新的项目“存档”和“取消存档”操作简化了将项目移动到存档存储或更改磁盘上的项目位置的过程

CryoSPARC 中的存档项目

对于新项目，生成的项目目录名称是项目标题的连字符变体，而不是 。可以在项目目录名称中添加可配置的前缀，以便于识别PXX

项目现在使用实例锁定来防止由于多个 CryoSPARC 实例同时修改同一项目而导致的意外损坏

“项目”和“作业”不再为输出文件添加前缀“on disk”，因为在分离和重新附加项目时，项目数字标识符可能会更改。改为在通过浏览器下载文件时添加前缀cryosparc_PXX_

新增功能

通过经过身份验证的访问控制，提高了 CryoSPARC 数据库和 API 的安全性。

新增功能

错误报告工具可简化故障排除。

从“作业对话框”的“事件日志”选项卡下载作业错误报告包

CryoSPARC 作业错误报告下载按钮

从管理面板的“实例日志”选项卡下载系统错误报告包

CryoSPARC系统错误报告下载按钮

在 CLI 中，当 Web 应用程序无法访问时，该函数会生成系统级错误报告包cryosparcm errorreport

新增功能

cryosparcm filterlog Command 按日期、日期、名称、功能和级别过滤日志，并采用更一致的日志格式，包括日志行开头的时间戳。

新增功能

cryosparcm cluster validate 函数在安装过程中验证集群配置。

新增功能

查看改进的数据库备份功能以及最近的活动记录。在实例信息→备份中可用。

CryoSPARC 实例信息备份面板

更新

作业：非均匀细化现在支持通过高级参数开关进行可选的 Ewald 球体校正。

CryoSPARC Non-Uniform Refinement Ewald Sphere Correction 切换开关

更新

现在，所有处理掩码和体积的作业都接受以相对于体积的不同框和/或像素大小进行采样的掩码，这些掩码会在适当的时候在内部重新采样。

更新

现在，如果使用二进制掩码，则“局部细化”和“粒子减法”会发出警告。

更新

Job： Extract from Micrographs 现在支持通过傅里叶裁剪提取和缩减采样到两种不同的盒子大小，以便为早期分类和重建步骤提供更小的颗粒。

更新

作业：除非特别启用，否则全局 CTF 细化默认参数不再适合四阶像差（球差和四叶像差）。

更新

作业：局部运动校正现在包括一个选项，用于在校正每个粒子的运动后通过傅里叶裁剪对粒子进行下采样。

更新

作业：从头开始重建现在包括一个未使用的粒子输出，当在单类情况下并非所有粒子都用于重建时。

更新

工作：Gctf 现在是一项“传统”工作。在作业构建器中打开“显示旧版作业”以取消隐藏作业。Gctf 还包括一个 CUDA 库参数，用于覆盖 CUDA 版本，以便与可用的 Gctf 二进制文件兼容。

作业构建器中的 CryoSPARC 遗留作业切换显示 CTF 估计 （Gctf）

更新

作业：现在，通过关闭参数，可以在不进行 CTF 校正的情况下运行 2D 分类，这对于阴性染色数据可能很有用。Do CTF correction

无 CTF 校正的 CryoSPARC 2D 分类

来自 MTA-HDAC-MBD 核心复合物 （EMPIAR-2） 的负染色 10539D 类别平均值，带和不带 CTF 校正

更新

对 CryoSPARC Live 界面的改进：

在“实时概览”选项卡中，输入带有自由格式数字输入的拒绝阈值

以更明显的颜色显示颗粒拾取

音量查看器包括用于重置和缩放的操作按钮

更新

在 CryoSPARC Live 的 Blob Picker 和 Template Picker 中添加了拾取参数。Maximum number of local maxima to consider

CryoSPARC Live 中 Blob Picker 和 Template Picker 的局部最大值参数

更新

改进了在启动作业之前更新集群作业状态的功能，以提高可见性。

CryoSPARC 改进了集群作业状态更新

Update

Silent password input prompt in commands; will not be printed in the command output. cryosparcm

Update

Added functions and to find moved symlinks in jobs. Read the guide for more details. cryosparcm cliget_project_symlinksget_job_symlinks

Update

Reduced excessive verbiage in log files for certain job types that process particles.

Update

Added configurable environment variable for adjusting connection timeout during database startup. CRYOSPARC_DB_CONNECTION_TIMEOUT_MS

Update

Improved libcufft library initialization when only major version files (e.g., ) are available. libcufft.so.10

Update

Updated Extensive Workflow to issue warning rather than timeout error caused by long-running jobs.

Update

Previous v3.3 web application (now running at ) does not start up by default. To start it, run . BASE_PORT + 7cryosparcm start app_legacy

Update

CryoSPARC Live ( service) is integrated into the main web application interface running at and is no longer available at . liveappBASE_PORTBASE_PORT + 6

Update

Automatically update session data sizes when a session is paused or completed for improved data management.

Fixed

Exposure Sets Tools no longer fails to intersect on if result slot is connected to both and input groups. pathmscope_paramsExposures_AExposures_B

Fixed

Heterogeneous Refinement jobs no longer fails when is turned on and some classes become empty. Force hard classification

Fixed

Additional corrupt exposure error handling for Full-Frame Motion Correction, Patch Motion Correction and Patch CTF jobs.

Fixed

Scheduler no longer fails for all queued jobs when a single queued job fails to run.

Fixed

cryosparcm restore no longer fails when restoring against an empty database directory.

Fixed

Show database connection error message in job log if one occurs during job startup.

Fixed

cryosparcm restart no longer restarts all services if an incorrect service name is provided as an argument.

Fixed

Long running background processes in one project no longer block actions across all projects in the system.

Fixed

Fixed attribute in CryoSPARC Live overview plot that was previously displayed as radians instead of degrees with an incorrect label. phase_shift

CPU 上的 FFT 不再使用至少 8 个线程，这会导致某些系统上的争用。

cryoSPARC v3.3.2 版本

8年2022月24日（最新补丁：2022年<>月<>日）

我们很高兴地宣布 cryoSPARC 的另一个版本，其中包含新功能、性能优化和各种稳定性增强：

新增功能

新的 3D 分类 BETA 作业可用于将粒子快速分类为多个 3D 类别，而无需重新对齐粒子的姿态和位移。从百万+粒子数据集中筛选出100+类的异质性。在此处阅读教程。

3D分类

新增功能

新的标尺和比例尺允许在 cryoSPARC Live 中以交互方式确定颗粒的大小。

曝光查看器标尺和比例尺

新增功能

新的 Blob 选取器调谐器从用户选择的最小手动选取集中确定最佳 Blob 选取器参数。自动调整 blob 大小、形状和选取器分数阈值。在此处阅读教程。

Blob 选取器调谐器

新增功能

在均匀细化和重建工作中实施的 Ewald 球体校正技术允许对较大蛋白质进行更高分辨率的重建。在此处阅读教程。该新技术在姿态对齐和反向投影期间校正了 Ewald 球体，并且在考虑 Ewald 球体时也正确估计/优化了高阶 CTF 像差 （HOA）。

Ewald Sphere FSC曲线比较

新增功能

现在，可以在 CTF 细化期间估计各向异性放大倍率，并在细化、重建、3D 分类和 3D 变异性作业中进行校正。

各向异性放大图

新增功能

在所有工作类型中，FSC 计算的速度和内存都得到了大幅提高，将 FSC 计算速度提高了 10 倍以上，并为同构细化提供了高达 20% 的整体加速。在单个 NVIDIA V100 GPU 上，以 000 像素盒大小对 360,10028 个核糖体颗粒进行基准优化 （EMPIAR-5） 仅需 2.100 分钟。

新增功能

大大提高了某些文件系统的 TIFF 读取性能。了解更多。

TIFF 读取改进

新增功能

cryosparcm log提供改进的日志格式和新的过滤器标志。

改进的日志记录

新增功能

“导入 3D 体积”现在支持导入多个体积，包括直接从 EMDB 导入条目。

导入多个 3D 体积

新增功能

FSC 图现在附带一个 EMDB 友好的 XML 文件。

EMDB 友好的 XML 文件

新增功能

提高了大型项目的性能。更快的树视图更新和瞬时输入拖放连接。

新增功能

新的体积对齐工具实用程序，支持 3D 体积的重新居中和对称对齐。

新增功能

指定包含 Topaz Train 和 Extract PATCH 的预处理显微照片的目录路径211214

新增功能

新的 3D 分类高级参数“每次完整迭代后输出数据”，以启用每次完整迭代后的数据输出（体积、粒子、体积系列） 补丁211214

新增功能

cryosparcm cli “update_parents_and_children_for_project(project_uid)”用于修复以前导入的项目中损坏的树视图输入/输出连接的功能 修补220215

新增功能

曝光/粒子集工具选项，用于在比较交叉模式补丁220215的路径时忽略前导 UID

新增功能

支持读取包含 float16 数据（数据类型代码 12）的文件 补丁220215.mrc

新增功能

在“删除重复粒子”作业 PATCH 220315 中删除所有重复项的选项

新增功能

当子进程遇到分段故障时，预处理作业不再立即失败 补丁220518

新增功能

Patch Motion 作业现在使用改进的 IO 库，从而在一些集群文件系统上提供了显著的加速 PATCH 220518

新增功能

Blob 选取器调谐器作业现在在优化 PATCH 220518 期间报告进度

新增功能

验证 （FSC） 作业现在采用一个可选参数，以便在处理 PATCH 220518 期间指定了不正确的像素大小时，允许调整最终像素大小和分辨率估计值Override Pixel Size (Å)

新增功能

对齐 3D 作业现在接收粒子堆栈，并旋转/移动粒子的对齐方式，以匹配在 3D 对齐 PATCH 220518期间应用于体积的旋转和移动

新增功能

项目删除（以及其他长时间运行的操作）现在与实例范围的锁定分离，允许 cryoSPARC 实例在删除过程中继续执行不相关的操作 补丁220518

新增功能

Patch Motion Correction 现在支持 1/8 和 1/16 PATCH 220824 的傅里叶裁剪率

新增功能

3D 可变性显示（集群模式）现在具有体积系列输出 PATCH 220824

新增功能

现在可以修改 cryoSPARC Live 会话中的曝光处理优先级。有关更多信息，请参阅：有关会话级函数修补程序 220824 的指南页面

新增功能

缓存日志现在输出平均速度 （MB/s） 和估计的完成时间 补丁220824

缓存日志现在输出平均速度

新增功能

cryosparcw call <cmd>允许在瞬态 cryoSPARC 工作器环境中执行命令 补丁220824

新增功能

cryosparcm eventlog <project_uid> <job_uid>将作业的“概述”选项卡中的所有文本打印到 stdout PATCH 220824

更新

3DVA 显示作业现在可以输出对应于中间状态的粒子集。

更新

添加了在 3DVA 显示作业中选择可变性分量子集的选项。

更新

“体积工具”作业现在接受自定义输出文件名。默认输出名称也已更新，以提供更多信息。

更新

在事件日志的顶部显示作业工作目录的路径。

更新

在作业缓存步骤中，自动删除超过 30 天未使用的 SSD 缓存文件。

更新

指定外部 SSL 请求的自定义证书颁发机构捆绑包的路径。

更新

CLI 端点，用于安全更新项目目录 （）。update_project_directory(project_uid, new_project_dir)

更新

能够在曝光集工具和粒子集工具中使用通用路径字段（相对于 UID）相交或分割。

更新

CryoSPARC 实时数据管理现在支持在数据类型的状态更改时执行脚本。在 cryosparc_master/config.sh 中添加 and 以启用此功能。export CRYOSPARC_LIVE_DATA_MANAGEMENT_SCRIPT_ENABLE=trueexport CRYOSPARC_LIVE_DATA_MANAGEMENT_SCRIPT_PATH=/path/to/script.sh

更新

粒子减法现在遵循精细的高阶像差。

更新

在独立验证 （FSC） 作业中添加了 FSC 掩模自动拧紧功能。

更新

“局部运动校正”中的“提取框大小”现在默认使用输入粒子框大小。

更新

3D 分类体积输出现已取消屏蔽，修复了下游细化 补丁211214

更新

每个 3D 分类迭代的新打印输出，以明确指定 O-EM/F-EM 迭代 PATCH 211214

更新

3D 可变性显示具有更丰富的信息量、文件名（简单/中间模式）、补丁220215.mrc

更新

改进了 cli 方法调用失败时的错误详细信息 PATCH 220315

更新

改进了 Extract From Micrographs （GPU） 中的记录功能，现在显示每个显微照片 PATCH 220315 边缘附近被拒绝的粒子数

更新

改进了某些文件系统的 EER 读取性能 补丁220315

更新

CryoSPARC 实时会话数据管理：现在，当会话“暂停”或“完成”时，所有数据类型大小都会更新。

更新

使用不正确的参数调用 cryosparcm/cli 函数时的有用错误消息。

更新

“检查损坏的粒子”作业现在有一个选项，用于检查粒子数据文件中的 NaN 值，以测试磁盘上的数据损坏。

更新

提取作业现在有一个选项，可以强制从输入显微照片中重新提取每个颗粒的 CTF 值。

更新

“锐化工具”作业中的输出现在分为两个输出组，可以直接连接到下游的“体积工具”作业 PATCH 220518

更新

现在，当导入的元数据文件中缺少字段时，“导入粒子”作业的“概述”选项卡中的警告会更加明显 PATCH 220518

更新

现在，当找到损坏的文件时，“检查损坏的粒子”作业的“概述”选项卡中的警告会更加明显 补丁220518

更新

Local Refinement （NEW！） 作业现在明确要求输入掩码 PATCH 220518

更新

Blob 选取器输出图像现在为负污渍数据显示更多对比度 补丁220518

更新

进一步改进了在读取颗粒或显微照片时遇到问题时的错误消息 PATCH 220824

更新

3D 可变性显示中的体积序列输出不再需要系统依赖性 PATCH 220824zip

更新

3D 可变性显示（聚类模式） 1D 直方图现在包含图例 PATCH 220824

更新

如果“导入模板”的输入数据的所有三个维度都匹配，则发出警告，这表明输入的是立方 （3D） 体积，而不是一堆 2D 模板 PATCH 220824

更新

“从显微照片中提取”作业中剔除的粒子计数和剔除原因摘要 补丁220824

更新

现在，如果作业需要的 SSD 缓存空间多于总可用空间或配额 PATCH 220824，则作业将失败

更新

如果可用，当无法读取文件时，在作业日志中显示 MRC 文件名 补丁220824

更新

改进了通过 PATCH 220824 运行函数时的错误格式cryosparcm cli

修复了在查看 cryoSPARC 中未进行运动校正的显微照片时，“检查拾取”、“手动拾取器”和“策划曝光”作业中的对比度问题。

修复了音量工具中在缩减像素采样蒙版时导致振铃伪影的问题。

向 Blob 和模板选取器作业中的低通过滤器模板添加了分辨率参数。

修复了在只读文件系统上运行工作器时的错误。libtiff

更正了 cryoSPARC Live 3D 体积网络查看器中的体积翻转。

修复了导致重新启动 cryoSPARC 后过时通知仍然存在的 bug。

修复了无法将作业排队到新工作区的 bug。

修复了 cryoSPARC 论坛中的主题无法显示在仪表板上的错误。

更新了作业队列接口，以阐明某些作业在哪些节点上启动。交互式作业始终在主节点上启动。除非设置为 true，否则导入作业将在主节点上启动，在这种情况下，导入作业可以在选定的任何通道/节点上运行。所有其他作业类型在用户选择的通道/节点上启动。CRYOSPARC_DISABLE_IMPORT_ON_MASTER

修复了以下 bug：如果已经对齐了卷，则在优化过程中对称对齐通常会错误地对齐体积。

修复了体积在螺旋细化中未正确对齐到对称轴的 bug。

修复了当实例的通知少于 1000 个时启动过程中发生的错误 V3.3.1

修复了（旧版）本地优化 PATCH 211202期间的绘图错误

在不安全模式下运行 cryoSPARC 时，使用正确的许可证检查 SSL 证书配置 补丁211214

修复了 Blob 选取器找不到任何粒子时的 Blob 调谐器错误 PATCH 211214

3D 分类补丁中的直通 GS 拆分 211214

检查 Homogenous Reconstruction job PATCH 211214 中是否存在空分割

防止刚性运动校正、局部运动校正和提取粒子作业在遇到损坏的曝光时发生崩溃。现在，在单次曝光中出现任何错误后，作业将继续进行，并将所有不完整的曝光输出为单独的输出 PATCH 220118

设置 3D 分类粒子输出的字段（修复下游粒子的错误和） 补丁220118classcsparc2star.py

在 3D 分类中，查看方向分布图适用于空类 PATCH 220118

在 Topaz Extract 中，当未指定预训练模型时，使用提供的预处理目录 补丁220118

导入项目 保留作业树视图 输入/输出连接 补丁220215

Symmetry Search Utility 不再失败，并显示 KeyError PATCH 220215

Topaz Train 导入的作业不再引用旧项目 PATCH 220215 中的预处理显微照片目录

从本地运动校正（非多）补丁220215中删除未使用的“要并行化的 GPU 数量”参数

在 Inspect Picks 阈值范围 PATCH 1 中包括第 99 个和第 220315 个百分位数的粒子

在 ResLog 作业 PATCH 220315 中使用高阶像差信息

当某些影片不包含粒子时，“局部运动”不会失败 PATCH 220315

在 3D 可变性显示作业中过滤正确的组件反应坐标 PATCH 220315

防止在设置零位移帧时本地运动校正出错 补丁220315

提高某些操作的多线程性能 修补220315

当上一个运动校正作业未设置零位移帧时，本地运动不再失败。

当在给定灯丝上仅找到一个粒子拾取时，在 Filament Tracer 作业中引发 AttributeError。

优化作业中的 GPU FSC 计算在用于小于 84 的框尺寸时会引发 AssertionError。

现在，当 topaz 子进程失败时，Topaz 作业会正确失败。

手动选取器作业中的显微照片对比度有时会设置为裁剪图像的值。

支持使用一个组件的 3DVA 显示聚类。

当找不到 GridFS 图像请求时，返回 HTTP 404 响应。

允许清除在上一个补丁 PATCH 220518之前创建的 Extract Particles 作业

防止由于损坏的 TIFF 文件导致的低级内存错误导致运动校正作业失败 补丁220518

更正了脚本中的 stdout/stderr 重定向选项 补丁220518cryosparcm cluster example

手动选取器和 Inspect 拾取作业不再过度下采样矩形 （K3） 图像 补丁220518

现在，在清除作业时，作业状态时间戳会正确清除 PATCH 220518

Patch CTF 作业不再因球差校正显微镜的数据而失败 PATCH 220518

本地分辨率估计作业现在从“静态掩码”输入组 PATCH 220824 中读取掩码

.mrc.bz2具有 MRC 扩展标头的文件现在可以正确加载 PATCH 220824

workspaces.json现在，当 cryoSPARC Live 会话正在运行 PATCH 220824 时，该会话已正确更新

防止 SSD 缓存系统故障，当缓存文件数据库集合中缺少文件大小时 PATCH 220824

补丁：

v3.3.2-211202 （2 年 2021 月 <> 日）

v3.3.2-211214 （14 年 2021 月 <> 日）

v3.3.2-220118 （18 年 2022 月 <> 日）

v3.3.2-220215 （15 年 2022 月 <> 日）

v3.3.2-220315 （15 年 2022 月 <> 日）

v3.3.2-220518 （18 年 2022 月 <> 日）

v3.3.2-220824 （24 年 2022 月 <> 日）

cryoSPARC v3.2 （英文）

29月 2021， <>

我们很高兴地宣布 cryoSPARC 的另一个版本，其中包含新功能、性能优化和各种稳定性增强：

新增功能

添加了按日期和标题对作业进行排序的选项。项目和工作区也可以按标题进行排序

按日期和标题对作业进行排序

新增功能

检查粒子作业以验证粒子堆栈的数据完整性 PATCH 210511

新增功能

Heterogeneous Refinement 作业 PATCH 210511 中的计算批量大小参数

新增功能

cryosparcm changeport用于更改基本端口 PATCH 210601 的命令和相关实用程序

新增功能

用于验证许可证是否有效的新实用程序 PATCH 210629cryosparcm licensestatus

新增功能

cryosparcm status现在报告补丁版本补丁210713

新增功能

设置环境变量以自动删除早于给定天数的缓存文件 补丁210803CRYOSPARC_SSD_CACHE_LIFETIME_DAYScryosparc_master/config.sh

新增功能

新的 TIFF 读取策略可提高 GPFS 和 Lustre 等网络文件系统的性能。要启用，请将导出添加到 PATCH 210817CRYOSPARC_TIFF_IO_SHM=truecryosparc_worker/config.sh

新增功能

“将粒子重新分配给显微照片”作业，用于将粒子重新分配给其关联的显微照片 补丁210831

新增功能

“导入显微照片”作业中用于匹配输入影片和显微照片的完整前缀/后缀切割参数 补丁210831

新增功能

使用环境变量 PATCH 210831 延长主控/辅助角色通信超时CRYOSPARC_CLIENT_TIMEOUT

新增功能

从 FSC 数字 PATCH 211012 中下载 EMDB 友好的 XML 文件

更新

当粒子存储在某些类型的文件系统（包括 FSx for Lustre）上时，迭代粒子处理作业（2D 分类、细化）的性能得到了显著提高，解决了一些用户发现作业在 v3.1 中运行的速度比在 v2.15 中慢的情况

更新

深度粒子拾取作业（深度选取器训练、深度选取器推理）现在需要 CUDA 工具包 11+

更新

作业预览对话框中的“元数据”选项卡性能更高，并具有可扩展的部分和基于数据类型的颜色突出显示

更新

在尝试导入粒子文件时，“导入粒子”不再忽略该列rlnImagePixelSize.star

更新

由于更强大的主管管理配置，CryoSPARC 流程现在不太可能成为孤立的

更新

删除了未使用的 cuBLAS 依赖项，该依赖项会导致在系统中的所有 GPU 上创建多个 GPU 上下文，即使仅使用单个 GPU 也是如此

更新

现在，当工作线程首次连接时，或者当工作线程连接更新时，GPU 状态信息会更新

更新

新选项可解决 CentOS 7 上 CUDA 中的错误，该错误会导致多种作业类型中的错误。要执行此操作，请添加到文件中。cuMemHostAlloc failedexport CRYOSPARC_NO_PAGELOCK=truecryosparc_worker/config.sh

更新

在特定显微照片上遇到错误时，补丁 CTF 估计不再失败。如果遇到异常并继续处理，则失败的显微照片将输出到单独的组。

更新

本地分辨率作业现在在作业事件日志补丁25中打印本地分辨率统计信息（最小值、中位数、最大值、第 75 个百分位数、第 210401 个百分位数）

更新

CryoSPARC 实时数据管理现在支持在数据类型的状态更改时执行脚本。添加并加入以启用此功能 PATCH 210401export CRYOSPARC_LIVE_DATA_MANAGEMENT_SCRIPT_ENABLE=trueexport CRYOSPARC_LIVE_DATA_MANAGEMENT_SCRIPT_PATH=/path/to/script.shcryosparc_master/config.sh

Patch Motion 中的问题会导致在某些情况下错误地应用剂量加权。这是由于 v3.1 中引入了可变剂量支持造成的。

补丁 CTF 估计失败，并显示IndexError: index 0 is out of bounds for axis 0 with size 0

补丁 CTF 估计失败，并显示ValueError: Axis limits cannot be NaN or Inf

在低分辨率下拟合与实际信号之间的相关性非常差的情况下，Patch CTF Estimation 有时会在 cryoSPARC Live 中报告低估了 CTF 拟合分辨率

可能导致在导入时设置的暴露组在处理过程中丢失的问题，特别是通过 GCTF 或 CTFFIND 的包装器作业

Deep Picker Train 作业无法报告任何显微照片上都没有训练粒子的问题

Topaz 包装器 BackError 在负染处理过程中：无法通过非 int 类型进行多个序列numpy.float32

导致 Motioncor2 包装器的问题IndexError

粒子模拟器作业中的问题，无论指定的输入 CTF 参数如何，所有粒子都将由相同的 CTF 调制

命令中的问题阻止管理员用户进行身份验证cryosparcm cli delete_user

需要 GPU 依赖项的 Extract From Micrographs （CPU） 作业中的问题，导致其在仅使用 CPU 的工作站上失败

导入作业/导入结果组失败，因为字段为空 PATCH 210401Unable to find data referenced by cs filesmscope_params

使用 EER 数据 PATCH 210413 进行局部运动校正

在其他作业中解锁缓存后，作业不再永远等待缓存 修补210413

恢复 Deep Picker Train 作业 PATCH 210413中丢失的“Use Class Weights”参数

防止在启动群集作业时发出警告 修补210413LD_PRELOAD

ValueError在 3DFSC 作业卷输出阶段 PATCH 210511 期间

导入项目 PATCH 210511后空工作区

防止在提取 Topaz PATCH 210601 生成的颗粒时出错

防止在绘制 PATCH 210601 期间深度推理作业出错

防止因 MotionCor2 包装器输出不正确的形状 PATCH 210601 而导致的错误

改进了读取无效曝光或粒子堆栈时的错误消息 补丁210601

防止某些系统的 Ab-Initio 重建作业中出现数字初始化错误 补丁210615

防止 Inspect Picks 作业 PATCH 210615 中出现数值错误

显示 cryoSPARC Live 中 Ab-Initio 重建作业正在处理的颗粒总数的统计数据有时未更新 PATCH 210629

防止在多次导入显微照片的管道中提取颗粒后发生的错误 修补210629mrc_readmic (1) 447: Invalid argument

防止 I/O 异常在处理暴露时终止 cryoSPARC Live Worker 补丁210713

在集群作业提交期间允许 shell 操作员，从而启用 LSF 集群补丁210713所需的重定向

Clear Intermediate Results PATCH 210831 的异常处理

更正了 JSON 输出 PATCH 210831cryosparcm cluster example

Deep Picker PATCH 211012 中一致的曝光/粒子匹配

防止系统不报告 CPU 频率 PATCH 211012时出现启动错误

防止在 Topaz 作业期间出现丢失报告错误 修补211012

防止在某些文件系统上创建目录错误 PATCH 211012

补丁：

v3.2.0-210401 （1 年 2021 月 <> 日）

v3.2.0-210413 （13 年 2021 月 <> 日）

v3.2.0-210511 （11 年 2021 月 <> 日）

v3.2.0-210601 （1 年 2021 月 <> 日）

v3.2.0-210615 （15 年 2021 月 <> 日）

v3.2.0-210629 （29 年 2021 月 <> 日）

v3.2.0-210713 （13 年 2021 月 <> 日）

v3.2.0-210803 （3 年 2021 月 <> 日）

v3.2.0-210817 （17 年 2021 月 <> 日）

v3.2.0-210831 （31 年 2021 月 <> 日）

v3.2.0-211012 （12/2021/<>）

cryoSPARC v3.1 （英文）

28月 2021， <>

我们很高兴地宣布 cryoSPARC 的另一个版本，其中包含新功能、性能优化和各种稳定性增强：

本地优化NEWBETA 版的主要更新

局部精细化

新增功能

非均匀正则化和自适应姿态边缘化

新增功能

对准先验，用于对不太可能的姿势进行软惩罚

新增功能

使用高阶 CTF 像差进行重建

新增功能

强制实施的点群对称性

螺旋处理 BETA 版功能改进

新增功能

螺旋细化现在支持非均匀正则化

新增功能

对称扩展现在支持螺旋对称

新增功能

在螺旋细化中，沿螺旋轴的偏移可以限制在不对称单元内，从而提高许多数据集的分辨率

新增功能

“Z-Clip”参数添加到 Helical Refinement 的动态蒙版中，以生成仅覆盖沿 Z 轴的中心区域的蒙版。

稳定性和性能更新

新增功能

新的显微照片提取 （CPU） 作业，支持使用多个内核在 CPU 上并行提取粒子。

摘自显微照片 （CPU） 作业

新增功能

管理员用户现在可以修改项目共享到的用户列表

管理员用户现在可以修改项目共享到的用户列表

更新

对 SSD 缓存进行重大更新，以避免问题并提高性能Detected file change due to change in file size

更新

Patch-CTF 估计的几项鲁棒性改进。可以使用“经典模式”参数启用以前的行为。

更新

现在，您可以通过侧边栏中的作业详细信息快速对交互式作业进行排队。队列对话框也已更新，以阐明交互式作业将在哪台计算机上运行。

更新

“导入影片”和“补丁动作”现在可以跳过坏文件，而不是失败。跳过的文件将作为单独的输出添加。

“导入影片”和“补丁动作”现在可以跳过坏文件，而不是失败。跳过的文件将作为单独的输出添加

更新

在尝试导入粒子 .star 文件时，Import Particles 不再忽略该部分。除高阶像差外的曝光组和 CTF 参数将从表中保留。data_opticsdata_optics

更新

Rebalance 2D 类现在具有“覆盖最大超类大小”参数，可以设置该参数以覆盖所有超类的最大大小

更新

启动作业时，如果环境变量存在，则在检查作业目录是否为空时，将忽略隐藏文件（以“.”开头的文件）（添加到CRYOSPARC_IGNORE_HIDDEN_FILEScryosparc_master/config.sh)

更新

“均匀重建”现在可以选择使用螺旋对称进行重建，也可以选择使用倒置的手进行重建

更新

Homogeneous Reconstruct 现在支持任何像素大小的输入对齐，无论重建像素大小如何

更新

cryoSPARC Job Scheduler 现在在将作业排队到非集群通道时将忽略 CPU 要求;仅考虑 RAM 和 GPU

更新

将“导入粒子”中的参数“删除输入显微照片路径中的前导 UID”更改为可选

讨论论坛主题已返回到仪表板

部分用户无法在 Chrome 中创建帐户或重置密码

修复了导入粒子中的一个错误，该错误导致在尝试转换为导入 Relion 3.1 星形文件时会失败rlnOriginX/rlnOriginYrlnOriginXAngst/rlnOriginYAngst

修复了导致 cryoSPARC 启动过程未完成的 bug

修复了一个 bug，该 bug 导致 cryoSPARC 创建的显微照片文件路径附加的字符串长度可变（现在为 21 个字符）

修复了导致导入项目功能失败的 bug，并显示_pickle.UnpicklingError: could not find MARK

灯丝示踪剂现在可以消除显微照片边缘以外的颗粒

修复了阻止在集群上启动 Rebalance 2D Classes 作业的 bug

修复了“体积工具”作业中的一个错误，该错误在“反转蒙版”和“填充孔”选项均为真时给出错误输出

修复了异构细化中导致方向图失败并显示ValueError

修复了阻止清除 v3.0 之前的“从显微照片中提取”、“2D 分类”和“创建模板”作业的问题

修复了在“均匀细化新”、“非均匀细化新”和“螺旋细化”中导致静态蒙版大小调整不正确的问题

修复了阻止 Helical Refinement 在静态蒙版上运行的问题，静态蒙版是在与体积不同的网格上采样的;修复了在激活“将输入结构对齐到螺旋 （z） 轴”参数时静态蒙版不正确旋转的相关 bug

修复了在项目上运行“清除中间结果”导致项目内 Curate Exposures 作业的输出被无意中删除的 bug。

添加对 Topaz 预发布版本的支持

修复了在“默认”通道不存在时，作业队列模式会显示不正确的默认通道/目标信息的问题

修复了 systemd 服务使用错误的 python 解释器的问题

修复了已删除会话仍显示在 cryoSPARC Live 浏览视图中的问题

修复了使用标志时的问题cryosparcm updateuserlastname

修复了 motioncor2 包装器作业中的 IndexError

修复了 Topaz 降噪不起作用的问题

CryoSPARC Live

更新

单击导航侧边栏中的失败曝光数量将打开一个对话框，显示每次曝光的错误详细信息

曝光失败的对话框

修复了选中已删除会话时会显示在浏览页面中的情况

修复了一个 bug，该 bug 导致“测试”暴露的手动选择从会话统计信息中排除并被提取

现在，“当前作业”和“目标”模态中的作业卡将在单击时打开各自的作业模态。如果已设置作业卡，则还会显示作业的优先级

修复了 cryoSPARC Live Worker 中的一个 bug，该 bug 由于 IO 错误导致的未捕获异常，导致其反复失败

斑点和模板颗粒直径现在正确显示为 Å 值

cryoSPARC v3.0.1 版本

15月 2020， <>

更新

在激活 cryoSPARC 的 conda 环境之前，先禁用现有的 conda 环境

由于参数不正确，在 中指定初始用户凭据失败并显示“使用不当”install.sh

由于参数不正确，命令失败cryosparcm updateuser

更新到 v8.3.0 后启动 cryoSPARC 时，CentOS0 上出现 cURL 符号查找错误

将项目从 v2.15.0 或更早版本导入到 v3.0.0 失败，并显示UnicodeDecodeError

命令使用不存在的旧 pyCUDA 二进制文件cryosparcw newcuda

删除 Extract From Microphotographs 作业失败，并显示KeyError

在“导入粒子”中导入粒子姿态信息失败，并显示TypeError

如果 cryoSPARC 已关闭，则命令将失败cryosparcm backup

如果使用通过“常数 CTF”参数导入的显微照片，则检查拾取作业将失败并显示 ValueError

在“上升”模式下，对称搜索实用程序作业失败并出现 TypeError。

cryoSPARC v3.0 （英文）

9月 2020， <>

我们很高兴地宣布 cryoSPARC 的另一个版本，其中包含新功能、性能优化和各种稳定性增强：

CryoSPARC Live 新品

新增功能

全新和改进的 cryoSPARC Live 应用程序，经过重新设计和设计，可实现强大且无缝的实时端到端冷冻电镜数据处理。CryoSPARC Live 专为数据采集设施、冷冻电镜核心、行业实验室、显微镜操作员和个人用户打造，他们希望根据流式 2D 和 3D 结果进行实时冷冻电镜数据质量评估和决策，并随着新数据及时更新。CryoSPARC Live 现在也是用户对已有数据进行首次切割处理和整理的最佳、最快的方式。

加速和优化预处理，每个 GPU 每小时可制作多达 600+ 部电影（运动校正、CTF 估计、粒子拾取和提取）

能够随时无缝地重新处理数据，策划曝光，测试/优化拣选策略以及选择颗粒以进行细化，即时进行

流式 2D 分类、在线从头开始重建和流式高分辨率 3D 细化，随着新粒子的出现而自动更新

与 cryoSPARC 无缝集成，允许对 cryoSPARC Live 中生成的结果进行直接高级处理，无需任何数据洗牌

经过全球广泛的Beta测试后，cryoSPARC Live现已免费供一般学术使用。要了解更多信息并访问 Live，请参阅：guide.cryosparc.com

立即观看：CryoSPARC 实时演示

CryoSPARC 发布亮点

新增功能

改进了非均匀细化算法 NEW 和作业类型 BETA。获得更高分辨率的结果，降低对参数变化的敏感性。有关更多详细信息，请参阅发表在Nature Methods上的新论文

加：

在非统一优化期间支持本地和全局 CTF 优化

在 NVIDIA 支持下开发的非均匀正则化的快速、新的 GPU 实现

此外，对齐变量的自动自适应边缘化的支持（默认启用）为小分子带来了进一步的改进。

cryoSparc 新的非均匀细化

新增功能

升级到现代 Python 3.7 运行时，包括新更新的依赖项和安装。在 cryoSPARC v2 和 v3 之间轻松升级和降级。

新增功能

支持 CUDA 11 + Ampere 架构 GPU（3080、3090、A100 等）。

请确保您运行的是与您的 GPU 和 CUDA 工具包版本兼容的最新 NVIDIA 驱动程序。您可以在此处下载适用于 GPU 的最新驱动程序。请访问故障排除，了解常见的 GPU 错误。

新增功能

完全支持 cryoSPARC 和 cryoSPARC Live 中的 Thermo Fisher Scientific EER 数据。EER数据是动态解压缩的，并且可以在处理过程中进行上采样并分割成所需数量的分数。

新增功能

改进了 cryoSPARC 和 cryoSPARC Live 中运动校正作业中的缺陷文件和缺陷像素支持。缺陷像素可以在缺陷文件中指定，也可以在增益参考中指定为零。.txt

新增功能

螺旋重建 BETA：用于端到端螺旋处理和细化的新工具套件，包括：

新的高分辨率螺旋细化作业，还支持非均匀正则化，以及螺旋对称性的执行和局部优化

cryoSparc 螺旋重建

新的细丝示踪剂工作，为细丝的挑选量身定制

cryoSparc 螺旋重建

更新了 Inspect Particle Picks，以允许按曲率修剪灯丝拾取

新的对称搜索实用程序，用于探索螺旋体积中的对称空间

新增功能

如果已通过 2D 分类、3D 重建或细化提取和对齐粒子，则“从显微照片中提取”现在将默认将粒子重新居中。

摘自显微照片

新增功能

新的“仅均匀重建”作业类型，该作业类型从先前对齐的粒子图像执行 3D 重建。

新增功能

能够在 cryoSPARC 和 cryoSPARC Live 中为作业和用户设置优先级值，允许作业按优先级顺序运行，而不是按排队顺序运行。通过我们的优先作业队列指南了解有关此功能的更多信息

cryoSPARC 作业优先级排队

新增功能

CryoSPARC 实时会话数据管理：在粒度级别上查看、删除和归档 cryoSPARC Live 创建的数据。节省旧会话和项目中生成的数据占用的空间，同时仍然能够浏览和查看结果。

cryoSparc 实时会话数据管理

新增功能

cryoSPARC 的资源管理器中提供了一个新的“数据管理”选项卡，显示登录用户可用的所有项目和工作区的详细信息。一目了然的信息包括：项目创建和所有权信息、项目目录位置、上次访问/查看时间、项目大小和其他详细信息。

cryoSparc 数据管理选项卡

新增功能

减少了 Patch Motion Correction 中的 GPU 内存占用。补丁运动校正的整体 GPU 内存占用已减少。这使得大多数 K3 大小的图像数据都可以在 11GB GPU 上处理。此外，现在还提供“低内存模式”开关，可进一步减少内存模式（以牺牲速度为代价）。

新增功能

新的“移除重复粒子”作业检查在显微照片上提取的粒子距离太近，并且只保留一个粒子，以允许合并来自多个拾取器的拾取，而不会影响 FSC 估计。

cryoSparc 去除重复颗粒作业

新增功能

cryoSPARC 和 cryoSPARC Live 中的 BETA Patch 运动校正现在可选择性地支持在帧之间以可变剂量率保存的电影数据（例如，来自 Leginon）

新增功能

新的 Systemd 单元文件，用于在服务器关闭后重新启动 cryoSPARC：现在包含一个 systemd 单元文件，允许将 cryoSPARC 作为服务运行。

更新

改进了 Patch CTF 估计，可在难以估计背景或包络的情况下实现更好的 CTF 拟合。提高了相对冰厚度测量的鲁棒性。

更新

“下采样粒子”和“从显微照片中提取”现在将正确缩放粒子对齐偏移，修复了在局部细化或 3D 变异性之前立即使用下采样的问题。

更新

方向分布和后验精度图已添加到异构细化中，可以通过关闭“显示查看方向分布图”参数来禁用。

更新

“导入显微照片”现在具有输出恒定 CTF 值的选项，因此后续步骤将完全忽略 CTF。可用于阴性染色和异国情调的数据收集。

更新

改进了应用前验证。cryosparcm patch

更新

降低了 SSD 缓存协调带宽，提高了多节点系统上缓存的鲁棒性。

更新

在集群提交后更智能地解析集群作业 ID。能够在集群提交命令中使用 shell 重定向，从而实现对 LSF 集群管理系统的原生支持。

更新

现在，每个项目、工作区和作业都会记录一个“上次访问”时间戳，每当用户通过 Web 应用程序界面查看项目、工作区或作业时，该时间戳都会更新。这使管理员能够快速识别和删除/存档不再使用的数据。

cryoSparc 上次访问时间戳

更新

对交互式作业进行排队始终默认为主节点。

更新

能够在管理员面板中和命令行界面中为新用户指定名字和姓氏。

更新

现在，默认的 umask 是 ，以允许 'group' 对 cryoSPARC 创建的文件夹具有写入权限。002

更新

将内部安装目录从 重命名为cryosparc2_cryosparc_

导入粒子作业修复：使用在 v2.15+ 中创建的显微照片导入粒子位置失败，因为每个显微照片的路径前面都有一个可变长度的 UID;使用“忽略原始数据”参数会导致作业失败，并出现缺少像素大小错误;支持以埃 （， ） 为单位指定的偏移量。_rlnOriginXAngst_rlnOriginYAngst

如果某些路径字段为空，则导入结果组将失败。

检查拣选“use_denoise”按钮无法实际加载去噪的显微照片，即使它们已连接。

局部细化现在遵循静态遮罩和每个粒子尺度的最小化参数，这些参数以前未正确使用。

如果将“覆盖迭代次数”设置为 True，而不提供以前出现的迭代次数，则会阻止本地优化终止。

非均匀细化：如果蒙版太靠近细化框的边缘，则本地处理会导致错误。

本地过滤已硬编码，导致在没有 SSD 的资源上运行时失败。SSD:True

用户名现在可以正确显示在作业的详细信息面板中。

cryoSPARC v2.15 （英文）

13月 2020， <>

新的 cryoSPARC 指南测试版

新增功能

全新、全面的 cryoSPARC 指南的第一版！在 guide.cryosparc.com BETA 版中可用。本指南将整合所有现有文档，并包含冷冻电镜数据处理教程、技巧、方法描述、案例研究等。

在新的 cryoSparc 指南中搜索

版本亮点

新增功能

使用新命令安装 bug 修复和改进，而无需完整更新cryosparcm patch

从命令行调用 cryoSPARC 补丁实用程序

新增功能

现在可以设置项目级别的默认值，用于在项目内运行作业之前是否将粒子图像缓存到本地 SSD。选择项目时，可以从侧边栏调整参数

在本地 SSD 上缓存粒子图像的项目级默认值

新增功能

新的粒子类别概率过滤器作业：根据匹配粒子分配的 2D 或 3D 类别的概率过滤粒子

新的粒子类概率过滤器作业

更新

在 Topaz Denoise 作业中，以下参数的默认值已更改，以更好地适应 Topaz： “分割显微照片的形状”参数的默认值已更改为 1536。“在每个分割显微照片周围填充”参数的默认值已更改为 256。

更新

Topaz 交叉验证作业已更新，进行了各种改进：添加了在运行交叉验证时从子训练作业输出模型的选项。添加了预期的粒子数和训练半径作为交叉验证参数。改进了子训练作业的 GPU 分布。

更新

现在，所有 Topaz 作业都存储预处理的显微照片，以避免在后续的 Topaz 作业中进行不必要的预处理。

更新

添加了“扩展工作流”选项，以运行其他作业类型，包括本地运动校正、多类从头开始和 3D 可变性。这可以用作新安装和更新的完整系统测试。

“扩展工作流”作业中的新选项

更新

通过在工作线程的定义中包含环境变量，使用动态生成的 SSD 缓存路径CRYOSPARC_SSD_PATHconfig.sh

更新

“导入影片”和“导入显微照片”作业现在可以在多个线程之间并行化，同时读取要导入的所有曝光的标题

更新

Ab-initio Reconstruction 的初始和最终小批量尺寸参数现在可以设置为零，以便根据估计的颗粒尺寸自动调整

更新

允许您快速搜索和导航的项目和工作区切换器已进行了改进。当您查看项目或工作区时，切换器将高亮显示并滚动到它，使您可以轻松地相对于它们进行导航。在工作区中查看作业时，工作区切换器将在特定作业链接到的每个工作区旁边显示一个链接图标。

更新了项目和工作区切换器

更新

资源管理器页面中的“作业历史记录”选项卡现在仅显示默认情况下未删除的作业。选择“显示已删除”开关以仅显示已删除的作业。

在资源管理器页面的“作业历史记录”选项卡中显示已删除的作业

更新

现在只能从项目目录内部导入作业。这修复了一个 bug，该 bug 会导致粒子是从项目外部导入时不会被缓存的。

更新

现在，只有脚本的所有者和主节点上才允许执行命令。您可以通过在 shell 中（或永久在 shell 中）设置 or 来覆盖此参数。cryosparcmCRYOSPARC_FORCE_USERCRYOSPARC_FORCE_HOSTNAMEtruecryosparc2_master/config.sh

使用相同粒子同时启动多个作业的 Bug 可能导致无休止的“缓存等待”消息

Bug 修复了解决缓存等待消息的问题

具有 K8 数据的 3GB 卡上的全帧运动校正内存不足。现在有一个开关可以将内存使用量减少大约一半

ValueError在 2D 分类或 Patch CTF 估计作业中，当单独导入但包含相同名称的文件的电影被覆盖时，会引发

现在，所有优化作业都使用第一个（而不是最后一个）FSC 阈值交叉在迭代期间进行筛选

当集合 A 小于集合 B 时，粒子集工具相交处存在 Bug

异构优化中的错误，如果禁用中间绘图，则该错误将失败

手动选取器在计算形状不规则的显微照片的对比度强度范围时失败

Topaz 去噪显微照片在手动选取器作业中无法正确显示（如灰色或黑色图像）

在 Patch CTF 估计期间，在低放大倍率下捕获的显微照片失败，并且IndexError

尝试从太大而无法放入内存的粒子文件中选择类时，选择 2D 失败。还修复了一个 bug，即如果一个类中的粒子少于 3 个，则会引发 an。.mrcIndexError

当输入数据集缺少 CTF 结果字段时，Exposure Group Utility 作业失败并显示KeyError

如果您尝试提取位置并且设置的框大小不是偶数，则“检查选件”作业将失败

现在，如果输入粒子在磁盘上的顺序不正常，则“下采样粒子”会以正确的顺序导出粒子

MotionCor2 （英语）包装器：被错误地指定为剂量加权的参数total doseframe dose

MotionCor2 （英语）包装器：指定傅里叶裁剪因子后，输出像素大小不正确，导致 CTF 估计失败

删除项目时，项目目录大小不会更新

允许导入在高宽高比检测器（2：1 或更高宽高比）上拍摄的动画

解决了与 Topaz 版本的版本不兼容问题0.2.4a

cryoSPARC v2.14 （英文）

20月 2020， <>

版本亮点

新增功能

作业构建器包括一个搜索栏，可快速找到您正在寻找的工作

cryoSparc 作业构建器搜索

新增功能

“在SSD上缓存粒子”作业，将在您选择的节点上缓存粒子

更新

cryoSPARC 作业中的许多优化 - 包含大量项目的数据集将显著加速

更新

添加了在 Topaz Train 中使用预训练初始化的选项

更新

添加了在运行 Topaz Extract 时使用预训练模型的选项

更新

所有输出 FSC 绘图的作业都已更新，以允许下载用于外部绘图的原始数据

更新

Curate Exposures 作业可以在不连接显微照片的情况下运行，允许仅使用电影进行基于 CTF 的策展

输入经过训练的模型时，Topaz Denoise 失败

使用外部软件校正运动的 K3 显微照片上的模板选择器失败

在锐化工具作业中打开“生成新的 FSC 蒙版”参数会导致AssertionError

Select2D 作业中的“已排除粒子”输出组图像与“包含粒子”输出组图像相同

在重新对初始模型进行重样时，新的“均匀优化”作业有时会失败，因为盒子的大小均匀不定

“从显微照片中提取”作业中的性能回归，其中提取颗粒的时间随着曝光次数的增加而非线性增加

在 2.14.2 中：“检查粒子拾取”作业在遇到没有粒子位置的曝光时失败并显示KeyError

cryoSPARC v2.13 （英文）

28月 2020， <>

v2.13 包含许多更新，包括交互式 3D 可变性分析、减少对大盒子尺寸优化的内存需求、对负染色和相位板数据的无缝支持等等！

新增功能

3D 可变性显示作业输出现在包括一个浏览器内、内联交互式 3D 散点图，用于分析粒子反应坐标分布中的聚类！用户可以选择要显示的三个反应坐标，并且可以显示或隐藏单个聚类。阅读新的完整教程，包括结果示例：

教程 3D 变异性分析教程：第二部分

3D 可变性显示 3D 散点图

新增功能

从模板或斑点拾取器中检查颗粒拾取时，颗粒拾取分数 （NCC） 和功效分数会根据每张显微照片的散焦自动校准。这确保了在一张显微照片上设置适当的阈值将在其他散焦差异非常不同的显微照片上产生良好的选择。

教程：颗粒拾取校准

新增功能

现在，负性染色和相位板数据集更易于处理。在导入过程中可以设置单个切换开关，并且在后续作业类型中无需更改其他参数。

教程：cryoSPARC 中的阴性染色和相位板数据工作流程

新增功能

斑点选择器现在可以使用“环形”斑点，这些斑点在拾取病毒和其他球形颗粒（例如脂肪铁蛋白）时表现良好。

新增功能

Relion 3.1 格式文件现在可以导入而不会出错，尽管目前尚未解析光学组数据。.star

新增功能

手动选取器交互式作业现在具有自适应鲁棒的对比度归一化功能，可以更轻松地看到不完美图像中的粒子。

新增功能

手动选取器交互式作业现在包括一个“对比度强度覆盖”滑块，允许用户在查看显微照片时手动选择对比度边界。默认情况下，基于色块的平均强度用于“手动选取器”和“曝光策展”作业。

3D 可变性显示 3D 散点图

新增功能

验证 （FSC） 作业：使用 FSC 验证优化结果（即半映射）现在可作为单独的作业类型使用，并带有可选的掩码输入。

更新

“均匀细化”中的傅里叶空间图显示正确。

更新

对 cryoSPARC 中 Topaz 包装的作业进行了多项更新：

添加了多处理功能，可显著缩短所有 Topaz 作业的预处理时间

添加了参数以在 Topaz Extract 作业中选择 CPU 数量

Topaz 作业现在会自动考虑负面污点数据

黄玉提取的颗粒不再由于 CTF 输出不一致而导致 2D 分类作业偶尔失败

更新

直通输出文件现在包含项目和作业编号，以便于引用（例如，P1_J1_passthrough.cs)

更新

现在，如果未连接 CTF 输入，则默认情况下，手动选取器作业将失败。添加了一个覆盖开关，允许在没有 CTF 估计的情况下手动拣选，这不是推荐的工作流程。

更新

3D 可变性显示现在可以翻转输出音量系列的手感。

Homogeneous Refinement 的 CPU 和 GPU 内存使用量大幅减少。在测试中，现在可以在 1024GB 消费级 NVIDIA GPU （GTX 11Ti） 上优化 1080 盒子大小，尽管这确实需要 ~160GB 的 CPU RAM。较小的 256 盒子大小可以在 4GB GPU 上运行，并且只需要 6GB 的 CPU RAM。

模板选择器现在用于大型显微照片（例如，K3 超分辨率数据）的 GPU 内存要少得多。

K3 数据的局部每粒子运动校正现在可以正常工作。

在优化过程中会导致错误的 Bug。cufftInvalidPlan

两个“选择 2D ”作业是相互连接的作业，最后一个“选择 2D”作业显示不正确的类平均缩略图的 Bug。

command_vis反复尝试启动但失败的 Bug，在此过程中使用 100% CPU。

（在 v2.13.2 中添加）卷被保存为文件，文件格式不支持的 Bug，导致锐化工具作业失败mrcfloat64mrc

（在 v2.13.2 中添加）异构优化和多类从头图作业由于ValueError

cryoSPARC v2.12 （英文）

十一月29 2019

3D 可变性的主要更新：求解更多模式、更小的运动、离散类的自动分类等等！

新增功能

新的“聚类”模式允许基于可变性坐标进行自动分层 3D 分类：直接可视化并查看数据集中存在多少个离散类，通过聚类将它们分开，并分别重建每个类。然后递归执行以查找每个聚类中的子构象或灵活性，或单独优化每个聚类。3D Variability Display3D Variability

3D 变异性分析

新增功能

新的“中间”模式允许沿每个可变性维度对中间位置进行加权重建：创建更详细的可变性视频，以最大程度地减少密度在大运动期间出现和消失的影响。还输出中间位置的加权粒子子集，用于细化特定的柔性构象。3D Variability Display

新增功能

默认选项可提高对 3D 密度中微小变化的敏感度。此外，还支持彩色或白噪声模型、优化期间的高通滤波器、每粒子尺度优化。3D Variability

教程 3D 变异性分析：第一部分

修复了条纹问题，以便可以同时解决（许多）更多可变性模式。

3D优化的重大更新：实时CTF优化、像差校正、曝光组、大幅提高速度！

新增功能

在 GPU 上实现的每个粒子散焦细化允许在几分钟内对 100,000 个粒子进行 CTF 细化。作为独立作业实施，也作为 期间的内联即时选项实施。Homogeneous Refinement

教程：在同构优化中进行动态 CTF 优化

高分辨率结构

新增功能

Global CTF Refinement和工作：CTF 像差支持，也实现了 GPU，可校正光束倾斜、三叶、球面像差和四翼。新参数的估计可以在独立作业中完成，也可以在过程中作为在线即时选项完成，从而产生超高分辨率重建。Local CTF RefinementHomogeneous Refinement

教程：本地 CTF 优化

教程：全局 CTF 优化

本地 CTF 细化工作卡

全球 CTF Refinement 工作卡

新增功能

新作业允许用户将数据集拆分或组合到多个曝光组中，以实现高阶像差校正。使用正则表达式和分隔符创建曝光组，并测试您的曝光组创建策略。Exposure Group Utilities

教程曝光组

新增功能

GPU 和 CPU 代码的首过优化：现在速度高达 5 倍，尤其是对于对称粒子。Homogeneous Refinement

新的基于用户界面的用户管理系统

新增功能

新的管理员页面，能够更改现有用户的角色并通过 UI 创建新用户

教程：通过 UI 创建新用户

教程：通过 UI 管理现有用户

用户列表和新用户表单

新增功能

用户可以通过界面请求重置密码

教程：通过UI重置密码

黄玉集成测试版

新增功能

新的 Topaz 包装器作业，用于集成 Topaz 的颗粒拾取和显微照片去噪功能

“黄玉训练”、“黄玉交叉验证”和“黄玉提取”作业执行粒子拾取，而“黄玉去噪”作业执行显微照片去噪

用户只需安装 Topaz 即可将其整合到 cryoSPARC 管道中

去噪显微照片与手动拾取器、Inspect Particle Picks 和 Topaz 的粒子拾取管道兼容，可帮助用户和机器学习模型观察显微照片

教程：在 cryoSPARC 中集成 Topaz

Topaz T20S 教程

Bepler, T., Morin, A., Rapp, M. et al. Positive-unlabeled convolutional neural networks for particle picking in cryo-electron micrographs. Nat Methods 16, 1153–1160 (2019) doi:10.1038/s41592-019-0575-8

其他更新

新增功能

新工作扩展了围绕点群对称性的粒子姿态，以支持子单元的局部细化，以及对称粒子的 3D 可变性。Symmetry Expansion

新增功能

新的作业调度器和队列接口：覆盖 cryoSPARC 调度器，直接排队到特定的 GPU

教程：直接排队到 GPU

更新了 cryoSPARC v2.12 中的队列对话框，允许用户将作业排队到特定的 GPU

新增功能

能够执行粒子拾取和提取的非交互式阈值选择，以及 2D 类别的非交互式选择，从而可以完全端到端地处理简单数据，无需人工干预

新增功能

能够在作业中以交互方式选择高于或低于阈值的所有类别（右键单击类别）Select 2D

选择 2D 类：交互式阈值

新增功能

预处理作业 （， ， ） 中的多处理鲁棒性更新可确保在作业失败或中断时，将恢复已完成的结果并可以恢复处理。Patch MotionFull Frame Motion CorrectionPatch CTF Estimation

更新

现在，细化中的方向精度图都用最小值为零进行着色，以便可以很容易地发现比率的差异

更新

相对冰厚度现在在曝光策展中可用

更新

如果需要，2D 分类允许单独更改最大对准分辨率和重建分辨率

更新

锐化作业现在默认应用球形窗口

更新

添加了在导入电影时跳过标题检查的选项，这允许在更大的数据集上更快地导入

更新

导入影片、显微照片或粒子将根据项目自动填充数据集的“曝光组 ID”字段（每个项目从 0 开始递增）

更新

设置环境变量，以允许主直接作业（导入作业、策展曝光、选择 2D）在您指定的任何计算机上排队，而不仅仅是主节点CRYOSPARC_DISABLE_IMPORT_ON_MASTER

更新

如果作业排队到特定 GPU，则会在资源管理器中记录该作业

更新

现在，如果放置在队列中，作业卡会显示队列消息

更新

作业类型在侧边栏中更显眼地显示

强制执行对称的从头操作失败，并出现无效内存访问错误

Job Builder 中的某些参数描述不显示

在 Align 3D Job 中更好地进行日志记录

使用 CPU 选项运行时出现非均匀优化错误

3DFSC 作业不接受掩码输入

导入粒子中的新选项，可在缺少姿势信息时启用位置导入ignore_pose

在一些较新的 GPU 上出现新的作业类型（如 3D var）中的死锁

当选择所有类别时（即，如果templates_excluded输出结果组中没有粒子），则“选择 2D”失败

当圆形掩模直径参数太接近粒子盒尺寸时，2D Class 作业中出现白色圆圈

“曝光集”工具作业无法识别粒子输入

“作业历史记录”页面中的“更多”按钮不会加载新行

复制到剪贴板功能在各种浏览器上更可靠

文件浏览器中的“后退”按钮可正确展开路径变量

导入的作业导致树布局失败或引发错误

项目目录大小的计算更准确

更新工作人员的 SSD 配置时，即使用户提供了 SSD 的路径，SSD 选项仍保持禁用状态